株式譲渡では、会社はそのまま存続します。しかし、資本関係が変わることで消費税の取り扱いに影響が出る場面があります。買い手側で見落とされやすい論点を整理します。
原則は基準期間で判定する
まず基本を整理します。消費税の納税義務は、原則として基準期間(個人は前々年、法人は前々事業年度)の課税売上高が1,000万円を超えるかで判定されます。
加えて、特定期間(前事業年度の前半6か月など)の課税売上高または給与等の支払額による判定もあります。
株式譲渡では法人格が変わらないため、対象会社自身の判定は、原則としてそのまま継続します。
問題になるのは、設立間もない会社や、資本関係が絡む特例です。
新設法人・特定新規設立法人の特例
買収のためにSPC(特別目的会社)を設立する場合などに関わります。
設立から2期は基準期間がないため、原則として免税事業者となり得ますが、資本金の額が1,000万円以上の新設法人は納税義務が免除されません。
さらに、特定新規設立法人の制度があります。他の者に支配されている新規設立法人について、その支配する者等の課税売上高が一定額を超える場合、納税義務が免除されない、という仕組みです。
買収のためのSPCがこれに該当するかは、個別の判定が必要です。必ず税理士にご確認ください。
組織再編を伴う場合
合併や会社分割を行う場合、納税義務の判定に特例があります。
被合併法人や分割法人の課税売上高を引き継いで判定する、という趣旨の規定が置かれています。
「新設した会社だから免税」という単純な整理にはなりません。
M&Aの後にグループ内で合併や分割を行うことは珍しくありません。その時点で、消費税の納税義務がどうなるかを確認してください。
ここは制度が複雑です。スキームを決める前に、税理士に試算してもらうことをお勧めします。
インボイスの登録事項の変更
実務で抜けやすい手続きです。
適格請求書発行事業者の登録を受けている会社で、商号や本店の所在地が変わった場合、登録事項の変更届出が必要です。
登録番号自体は法人番号に基づくため変わりませんが、公表サイトの情報が古いままになります。
取引先は、受け取った請求書の記載と公表情報を照合することがあります。食い違うと、仕入税額控除の可否について問い合わせを受けます。
登記の変更と併せて、届出も行ってください。クロージング後のチェックリストに入れる項目です。
事業譲渡では消費税がかかる
株式譲渡と事業譲渡の違いを、改めて整理します。
株式の譲渡は、消費税は非課税です。
事業譲渡では、譲渡する資産のうち課税資産に消費税がかかります。棚卸資産、什器備品、営業権(のれん)は課税、土地や債権は非課税です。
金額が大きくなるため、契約書に税込か税抜かを必ず明記してください。曖昧なまま署名すると、決済時に10%分の争いになります。
買い手側では、支払った消費税を仕入税額控除できるかも確認が要ります。免税事業者や簡易課税を選択している場合、控除できません。
簡易課税を選択している場合
対象会社が簡易課税制度を選択していることがあります。
この場合、買収後に事業の内容や規模が変わると、有利不利が逆転することがあります。
また、選択をやめるには届出が必要で、原則として2年間は継続しなければならないといった制約があります。
デューデリジェンスの段階で、消費税の課税方式(原則課税か簡易課税か)と、過去の届出の状況を確認してください。
届出書の控えが残っているかも見ておくべき点です。
過去の申告に誤りがないか
デューデリジェンスで確認される点です。
消費税は、取引ごとに課税・非課税・不課税の判定が必要で、誤りが生じやすい税目です。
とくに、自動販売機の設置手数料、保険金の受取、補助金の収入、従業員からの寮費など、判定が分かれやすい取引があります。
誤りがあれば、修正申告と加算税・延滞税が生じ得ます。これは簿外債務にあたります。
税務デューデリジェンスの範囲に、消費税を含めるかを検討してください。法人税だけを見て、消費税を見ないという設計は、リスクが残ります。
納税の時期を資金計画に入れる
買い手側の実務です。消費税は、預かったお金を納める税です。手元にあるうちに使ってしまうと、納付時に資金が足りなくなります。
年1回の申告では、納付額が大きくなります。前年の実績によっては中間申告・納付が必要になります。
買収した会社の消費税の納付スケジュールと金額を、早い段階で把握してください。
「引き継いだ直後に、多額の納付があった」という事態は、資金繰りに直結します。買収の資金計画も併せてご覧ください。
税理士に確認すべき項目をまとめる
最後に、確認事項を整理します。買い手側・売り手側の双方で、次を税理士に確認してください。
対象会社の課税事業者の判定と、今後の見込み。
課税方式(原則課税か簡易課税か)と、過去の届出。
インボイスの登録状況と、変更届出の要否。
スキーム(株式譲渡・事業譲渡・組織再編)ごとの消費税の取り扱い。
納付のスケジュールと金額。
消費税は制度が複雑で、改正も頻繁です。本稿は2026年9月時点の一般的な整理であり、個別の判定は必ず税理士にご確認ください。当社は税務顧問業務を行いません。