M&Aで売却対象となる会社の株式は、オーナー経営者個人が保有しているとは限りません。持株会社(ホールディングス)、グループの事業会社、資産管理会社など、「法人」が株主になっているケースは中小企業でも珍しくありません。そして、株式を譲渡したときの税金は、株主が個人か法人かで仕組みそのものが大きく異なります。個人向けの「税率20.315%」という情報だけを前提に手取りを見積もると、法人株主のケースでは大きくずれてしまいます。本稿では、法人株主が株式を譲渡した場合の課税の基本と、個人株主との違いを整理します。
法人株主と個人株主では、課税の仕組みが根本的に違う
まず全体像です。同じ「株式の譲渡」でも、株主の属性によって適用される税制がまったく異なります。
- 個人株主:株式の譲渡所得だけを切り分けて課税する「申告分離課税」。税率は20.315%(所得税15%+復興特別所得税0.315%+住民税5%)
- 法人株主:株式の譲渡損益をその事業年度の他の損益と合算し、法人税等の課税対象とする「総合的な課税」。法人実効税率の目安はおおむね30%程度
個人には「株式譲渡専用の税率」がありますが、法人には株式譲渡だけに適用される特別な税率はありません。法人にとって株式の売却益は、商品を売った利益や不動産を売った利益と同じく、事業年度の所得を構成する一要素として扱われるのです。個人株主の課税の詳細は「会社売却にかかる税金」で解説しています。
法人株主の課税|譲渡益は他の所得と合算して法人税
譲渡損益の計算
法人株主の譲渡損益は、おおまかには次のように計算されます。
- 譲渡損益 = 譲渡対価 − 譲渡した株式の帳簿価額 − 譲渡に要した費用
個人の「取得費」に相当するのが、法人の会計帳簿に計上されている株式の帳簿価額です。設立時から保有している子会社株式であれば出資額が基礎となり、買収で取得した株式であれば取得時の代金等が基礎となります。ここで生じた譲渡益は、その事業年度の他の損益と合算され、法人税・地方法人税・法人住民税・事業税等の課税対象になります。実効税率の目安は約30%とされますが、実際の負担率は法人の規模や状況によって変わります。
譲渡損が出た場合は他の利益と通算できる
合算方式であることは、損が出た場合には逆に働きます。株式の譲渡損は、原則としてその事業年度の本業の利益など他の所得と通算され、課税所得を減らします。株式の譲渡損益が他の所得と分離して扱われる個人株主に比べ、損失を吸収しやすいのは法人株主の特徴です。ただし、グループ法人間の譲渡では損益の計上が繰り延べられるなど、通算が制限される場面もあるため、グループ内に株式を動かす場合は特に注意が必要です。
手取りが「法人に入る」ことの意味
もうひとつの本質的な違いは、売却代金の入り先です。法人株主が譲渡した場合、税引後の資金は法人に残ります。オーナー個人がその資金を使うには、配当や役員報酬・役員退職金などの形で法人から個人へ資金を移す必要があり、その段階で追加の課税が生じ得ます。一方、法人に資金を残したまま再投資や新規事業に充てるのであれば、個人への移転課税を経ずに資金を活用できます。「最終的に誰が・何のためにお金を使うのか」まで含めて設計することが、法人株主のM&Aでは特に重要です。
個人株主との違いを表で整理する
ここまでの内容を一覧にまとめます。
| 項目 | 個人株主 | 法人株主 |
|---|---|---|
| 課税方式 | 申告分離課税(他の所得と分離) | 他の損益と合算して法人税等を課税 |
| 税率の水準 | 20.315%(所得税15%+復興特別所得税0.315%+住民税5%) | 法人実効税率の目安 約30% |
| 控除するもの | 取得費・譲渡費用 | 株式の帳簿価額・譲渡費用 |
| 譲渡損の扱い | 他の所得とは原則通算されない | 原則として同一事業年度の他の損益と通算 |
| 申告 | 翌年に個人の確定申告 | 事業年度の法人税申告に含めて申告 |
| 売却資金の入り先 | 個人(そのまま使える) | 法人(個人へ移す際に追加課税があり得る) |
税率の数字だけを比べると「個人のほうが低い」ように見えますが、資金の使い道や損失の状況によって評価は変わります。単純な税率比較で結論を出せるものではない、という点がこの表の読み方です。
防衛特別法人税など、法人課税をめぐる今後の動き
法人課税には近年、新しい動きがあります。2026年4月以後に開始する事業年度からは、防衛特別法人税が導入されます。これにより法人の税負担は従来より若干増える方向にあり、「法人実効税率の目安 約30%」という水準感にもこの影響が織り込まれていきます。
法人株主として大きな譲渡益が見込まれる場合、どの事業年度に譲渡を実行するかによって適用される税制が変わり得ます。また、譲渡益に対して役員退職金の支給や設備投資などを同一事業年度に組み合わせることで課税所得が変動するのも、合算課税である法人ならではの特徴です。こうした年度設計はまさに税理士の専門領域ですので、譲渡スケジュールが見え始めた段階で早めに相談してください。役員退職金の活用は「役員退職金を活用した手取り最適化」でも解説しています。
M&A実務での留意点|株主構成の確認は初期段階で
M&Aの実務では、次のような点に注意が必要です。
1. 「誰が株主か」で手取りの計算が変わる
オーナー個人と資産管理会社が株式を分け合って保有しているケースでは、同じ譲渡価額でも、個人保有分は20.315%、法人保有分は法人税等の対象と、持分ごとに異なる課税が生じます。手取り額の試算は、株主名簿を確認するところから始まります。
2. グループ内の株式移動は慎重に
「売却前に株式を持株会社へ集約しておこう」といった組織再編は、実行の仕方によって課税関係が大きく変わります。時価と異なる価額での移動は思わぬ課税を招くおそれがあり、M&Aの直前に自己流で動かすのは危険です。必ず事前に税理士・専門家の検証を受けてください。
3. 自己株式の取得が絡む場合は「みなし配当」に注意
売却スキームに対象会社による自己株式の取得が組み込まれる場合、譲渡益課税とは別に「みなし配当」の論点が生じます。詳しくは「みなし配当とは」をご覧ください。
まとめ
法人株主の株式譲渡について、要点を整理します。
- 個人株主は申告分離課税20.315%、法人株主は他の損益と合算して法人税等(実効税率の目安 約30%)と、仕組みが根本的に異なる
- 法人の譲渡損益は「譲渡対価 − 帳簿価額 − 譲渡費用」。譲渡損は原則として他の利益と通算できる
- 売却資金は法人に入るため、個人へ移す段階の課税まで含めた設計が必要
- 2026年4月以後開始事業年度からは防衛特別法人税が導入され、譲渡の実行年度の検討も重要に
- 株主構成の確認とグループ内の株式移動の検証は、M&Aの初期段階で税理士とともに行う
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