会社売却を検討するとき、譲渡価格そのものと同じくらい大切なのが、「税金を引いた後、実際にいくら手元に残るのか」という視点です。M&Aの税金は、どのスキーム(手法)を選ぶか、株主が個人か法人かによって扱いが大きく変わります。本稿では、中小企業のM&Aで最も多く用いられる「個人株主による株式譲渡」を中心に、譲渡所得課税の一般的な仕組みと手取り額の考え方、そして事業譲渡との課税の違いの概要をご説明します。
会社売却にかかる税金の全体像|スキームで課税は変わる
「会社を売る」といっても、法的な手法はひとつではありません。代表的なスキームは、株主が保有する株式を買い手に譲渡する「株式譲渡」と、会社が事業(資産・負債・契約など)を切り出して譲渡する「事業譲渡」です。両者では「誰に、どのような税金がかかるのか」がまったく異なります。
- 株式譲渡:対価を受け取るのは株主。個人株主の場合、譲渡益に対して所得税・住民税等が課されます。
- 事業譲渡:対価を受け取るのは会社。譲渡益は会社の利益として法人税等の課税対象となり、株主個人がお金を受け取るには、さらに配当や役員退職金などの形で会社から引き出す必要があります。
中小企業のM&Aでは、手続が比較的シンプルで、オーナー個人が直接対価を受け取れる株式譲渡が選ばれることが多くなっています。まずはこの株式譲渡の課税から見ていきましょう。
株式譲渡(個人株主)の場合|譲渡所得に20.315%
個人株主が非上場株式を譲渡した場合、譲渡によって得た利益(譲渡所得)は、給与など他の所得とは分離して課税されます(申告分離課税)。一般的な税率は、所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%の合計20.315%です。なお、2027年1月からは防衛特別所得税(1%)の創設にあわせて復興特別所得税の税率が引き下げられる予定ですが、合計20.315%という負担水準自体は変わらない見込みです(内訳の名称・構成が変わります)。
課税対象となる譲渡所得は、次の式で計算します。
税額 = 譲渡所得 × 20.315%
取得費とは、株式を取得するために要した金額です。創業者であれば、設立時に払い込んだ資本金相当額などがこれにあたります。相続などで取得費が不明な場合には、譲渡価格の5%を取得費とみなす取り扱い(概算取得費)を用いることがあります。譲渡費用には、M&A仲介会社に支払う成功報酬などが該当し得ます。
ポイントは、税率が譲渡所得の大きさにかかわらず一律であることです。累進課税である給与所得や退職所得と異なり、譲渡益が大きくなっても税率は原則20.315%のままです。オーナー経営者にとって、株式譲渡が税務面で比較的有利といわれる理由のひとつです。ただし、譲渡益が数億円規模に及ぶ場合には、次にご説明する「ミニマムタックス」により追加の税負担が生じることがあります。
なお、申告分離課税である株式の譲渡所得は、譲渡した年の翌年に確定申告が必要です。申告の時期・必要書類・よくある誤りは「株式売却後の確定申告」の記事で解説しています。
高額譲渡益への追加課税|ミニマムタックスと2026年の経過措置
2025年分の所得からは、「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置」(いわゆるミニマムタックス)の適用が始まっています。これは、株式譲渡益などを含む基準所得金額から特別控除額3.3億円を差し引いた金額に22.5%を乗じた額が、通常の方法で計算した所得税の額を上回る場合に、その差額が追加で課税される仕組みです。税率が一律の分離課税であっても、譲渡益が数億円規模に及ぶ会社売却では、この措置により実質的な税負担が20.315%を上回る可能性があります。
さらに、令和8年度税制改正により、この措置は2027年分の所得から強化されることとされています(特別控除額1.65億円・税率30%)。ただし、株式の譲渡については、2026年12月31日までに譲渡契約を締結した場合には現行制度(特別控除3.3億円・税率22.5%)が適用される経過措置が設けられており、譲渡益の規模によっては「いつ契約を締結するか」という売却時期そのものが手取り額に影響し得る、重要な論点となっています。
もっとも、適用の有無や影響額は、譲渡益の規模、他の所得の状況などによって大きく異なります。数億円規模の譲渡を視野に入れる場合には、売却時期の設計も含めて、早い段階から税理士等の専門家にご相談ください。
手取り額の考え方|計算例で見る
それでは、具体的な数字で手取り額のイメージをつかんでみましょう。前提は次のとおりとします。
- 株式の譲渡価格:3億円
- 株式の取得費:1,000万円(設立時の出資額)
- 会社に借入金はないものとします(この場合、当社の報酬基準額は株式価値と同じ3億円)
- 仲介会社への成功報酬:2,000万円(税別。レーマン方式による算出額1,500万円が当社の最低報酬額2,000万円を下回るため、最低報酬額を適用。譲渡費用として控除できるものとします)
この場合の計算は、次のようになります。
- 譲渡所得:3億円 −(1,000万円 + 2,000万円)= 2億7,000万円
- 税額:2億7,000万円 × 20.315% ≒ 約5,485万円
- 手取り額:3億円 − 2,000万円(手数料)− 約5,485万円(税金)≒ 約2億2,500万円
あくまで単純化した例ですが、「譲渡価格 − 仲介手数料 − 税金 = 手取り額」という基本構造をご理解いただけるかと思います。手数料の計算方法は「M&A仲介手数料の相場とレーマン方式の計算方法」で、譲渡価格の目安の考え方は「企業価値評価(バリュエーション)の3つの方法」で、それぞれ詳しく解説しています。なお、上の例では当社の報酬体系に当てはめて計算しています。当社の成功報酬は移動総資産(株式価値+負債総額)を基準とするレーマン方式で、最低報酬額は2,000万円(税別)、相談料・着手金・月額報酬は0円です。借入金のある会社では基準額が大きくなるため、成功報酬もその分上がります(料金体系)。
事業譲渡との課税の違い|概要を押さえる
一方、事業譲渡を選んだ場合の課税は、構造が大きく異なります。
会社に法人税等が課される
事業譲渡の対価は会社が受け取るため、譲渡益(譲渡対価と譲渡資産の簿価との差額)は会社の所得として法人税等の課税対象になります。法人の実効税率は、おおむね30%前後といわれています(会社の規模等により異なります)。なお、2026年4月1日以後に開始する事業年度からは防衛特別法人税が導入されており、実効税率の目安はやや上昇していますが、課税所得がおおむね2,400万円以下の中小企業では実質的な追加負担は生じない設計とされています。
株主の手元に届くまでに、もう一段の課税があり得る
会社が受け取った対価をオーナー個人が受け取るには、配当や役員退職金といった形で会社から支払う必要があり、その際に個人側でも課税が生じます。結果として、株式譲渡に比べ、オーナー個人の手取りベースでは税負担が重くなりやすいといわれます。
また、発行会社に株式を買い取ってもらう自己株式の取得などでは、対価の一部が配当とみなされて総合課税の対象となる「みなし配当」の論点もあります。詳しくは「みなし配当とは」の記事をご覧ください。
消費税・不動産関係の税金
事業譲渡では、譲渡する資産のうち課税資産(棚卸資産、機械設備、のれん等)について消費税の課税対象となるほか、不動産を移転する場合には不動産取得税や登録免許税も論点となります。
もっとも、事業譲渡には「譲渡する事業・資産を選べる」「会社(法人格)を手元に残せる」といった株式譲渡にはない利点があり、繰越欠損金の状況などによっては税負担の比較結果が変わることもあります。どちらのスキームが適しているかは、税務面だけでなく、許認可や契約の承継、簿外債務の遮断といった観点も含めた総合判断となります。
手取りを考えるうえで知っておきたい論点
実務では、単純な株式譲渡の計算例に加えて、次のような論点が手取り額に影響し得ます。
- 役員退職金との組み合わせ:譲渡対価の一部を役員退職金として受け取る設計が検討されることがあります。退職所得は税制上の優遇がある一方、金額の妥当性(過大退職金)や退職の実態が問われるため、慎重な設計が必要です。
- 株主が法人の場合:持株会社等が株主である場合、譲渡益は法人税等の課税対象となり、個人の20.315%とは扱いが異なります。
- 取得費の確認:増資や株式の買い集めの経緯によって取得費は変わります。過去の資料を早めに整理しておくことが大切です。
- 税制改正の動向:税率や特例は将来変更される可能性があります。前述のミニマムタックスの強化(2027年分所得から)のように、契約・譲渡の時期によって適用される制度が変わることもあるため、検討時点の最新の制度を必ず確認する必要があります。
これらはいずれも、金額の設計次第で手取りが大きく変わり得る一方、税務上の要件や個別事情の確認が不可欠な領域です。個別の税務の取り扱いについては、必ず税理士にご確認ください。当社でも、必要に応じて税理士等の専門家と連携しながらスキームの検討をお手伝いしています。
まとめ|税金まで含めて、早めに全体像を描く
会社売却の税金は、スキームによって構造が異なります。個人株主による株式譲渡であれば、譲渡所得に対して原則20.315%の分離課税というシンプルな仕組みであり、手取り額は「譲渡価格 − 取得費・譲渡費用を踏まえた税金 − 仲介手数料」という形で見通すことができます。事業譲渡では会社への法人課税を経るため、個人の手取りまでの道筋が変わります。
大切なのは、交渉の終盤になってから慌てて税金を計算するのではなく、検討の初期段階から「手取りベース」で全体像を描いておくことです。当社では、譲渡価格の目安の算定から、手数料・税金を踏まえた手取りイメージの整理、専門家との連携まで、一気通貫でお手伝いします。ご相談は無料ですので、お気軽にお声がけください。
この記事を動画で見る（58秒）
会社を売った利益には、所得税と住民税をあわせて20.315%がかかります（申告分離課税）。課税対象は譲渡価格から取得費と仲介手数料を差し引いた額。仲介手数料は算定方法が会社ごとに違うため、総額を契約前に書面で確認してください。詳しくはコラムへ。
動画の書き起こしを読む
会社を、3億円で売りました。手元に残るのは、3億円ではありません。税金と手数料を引いた、本当の数字を見てみましょう。
個人が株式を売った利益には、所得税と住民税をあわせて、20.315%。給与などとは分けて計算する、申告分離課税です。
譲渡価格3億円。設立時の出資1,000万円を引いた2億9,000万円が、おおよその課税対象です。ここからさらに、仲介手数料を差し引きます。
一方、事業譲渡は、対価を会社が受け取るので、まず法人税。個人が受け取るには、配当や退職金の形になり、もう一段の課税があり得ます。
差し引く仲介手数料は、会社によって算定方法が違います。当社は移動総資産レーマン方式、最低報酬は2,000万円。相談料・着手金・月額報酬は0円です。
※ 動画は一般的な例で説明しています。当社の手数料は、相談料・着手金・月額報酬0円、基本合意の締結時に成功報酬額の10%を中間金として申し受け(成約時の成功報酬から全額を差し引いてご請求しますが、基本合意後に不成立となった場合の返金はいたしません)、成功報酬は移動総資産レーマン方式(基準額=株式価値+負債総額)・最低2,000万円(税別)です。詳しくは料金体系をご覧ください。
この記事の内容について、無料でご相談いただけます。 相談料・着手金・月額報酬は0円。売ると決めていない段階のご相談も承っています。