中小企業のM&Aで用いられる手法(スキーム)の代表格が、「株式譲渡」と「事業譲渡」です。どちらも会社の事業を第三者へ引き継ぐ点は同じですが、譲渡の対象、契約や従業員の引き継ぎ方、課税のされ方、手続きの手間は大きく異なり、どちらを選ぶかによってオーナー様の手取り額や譲渡後の姿も変わってきます。本稿では、両者の違いを比較表で整理したうえで、それぞれの仕組みとメリット・デメリット、税務の考え方、選び方の判断ポイントを順にご説明します。
株式譲渡と事業譲渡|まずは違いを一覧表で確認
はじめに、両者の主な違いを一覧で確認しましょう。
| 比較項目 | 株式譲渡 | 事業譲渡 |
|---|---|---|
| 譲渡の対象 | 会社の株式(経営権) | 事業に関する資産・負債・契約等を個別に選択 |
| 売り手(対価の受取人) | 株主(オーナー個人が多い) | 会社(法人) |
| 会社の法人格 | そのまま買い手側へ移る | 売り手の手元に残る |
| 契約・債権債務 | 原則そのまま承継 | 個別に移転手続きが必要(相手方の同意) |
| 従業員の雇用 | 雇用契約はそのまま継続 | 転籍につき従業員ごとの同意が必要 |
| 許認可 | 原則そのまま維持(業種による) | 原則として買い手が再取得 |
| 簿外債務のリスク | 買い手が包括的に引き継ぐ | 買い手は選んだ資産・負債のみ引き継ぐ |
| 手続きの手間 | 比較的シンプル | 個別移転が多く煩雑になりやすい |
| 課税(売り手側) | 株主の譲渡所得に課税 | 法人の譲渡損益に課税(消費税の対象資産も) |
ひとことで言えば、株式譲渡は「会社を丸ごと引き継ぐ」手法、事業譲渡は「事業を選んで切り出す」手法です。以下、それぞれを詳しく見ていきます。
株式譲渡とは|会社ごと引き継ぐシンプルな手法
株式譲渡は、オーナー様が保有する株式を買い手に譲渡し、会社の経営権を移転する手法です。会社という法人格には変動がないため、従業員との雇用契約、取引先との契約、事務所の賃貸借契約、多くの許認可などは、原則としてそのまま存続します。中小企業のM&Aで最も多く用いられるのはこの手法です。
株式譲渡の主なメリット
- 契約・雇用・許認可を個別に移転する手続きが原則不要で、手続きがシンプル
- 譲渡対価がオーナー様個人に直接入る
- 従業員や取引先への影響が相対的に小さく、事業の継続性が保たれやすい
株式譲渡の主なデメリット・留意点
- 買い手は負債や簿外債務(未払残業代、保証債務など)も包括的に引き継ぐため、デューデリジェンスが厳格になりやすい
- 株主が分散している場合、株式の集約に手間がかかることがある
- 一部の事業だけを譲渡したい場合には適さない
買い手が会社の中身を精査するデューデリジェンスについては「デューデリジェンス(DD)とは」の記事で詳しく解説しています。
事業譲渡とは|事業を選んで切り出す手法
事業譲渡は、会社が営む事業の全部または一部を、資産・負債・契約関係などを個別に特定して買い手に譲渡する手法です。売り手となるのは会社(法人)であり、譲渡対価は会社が受け取ります。会社そのものはオーナー様の手元に残るため、譲渡後に残った会社を清算するか、別の事業を続けるかは別途の判断になります。
事業譲渡の主なメリット
- 複数事業のうち一部だけを譲渡し、残りを手元に置くことができる
- 買い手は必要な資産・負債だけを選んで引き継げるため、簿外債務を承継するリスクを抑えられる
- 会社に繰越欠損金がある場合、譲渡益と相殺できる可能性がある
事業譲渡の主なデメリット・留意点
- 取引先との契約は相手方の同意を得て個別に移転する必要があり、手続きが煩雑
- 従業員は転籍となるため、一人ひとりの同意が必要
- 許認可は原則引き継がれず、買い手が再取得しなければならない
- 売り手の会社には、一定期間・一定地域で同一事業を営めない競業避止義務が課される(会社法上、原則20年。特約で変更可)
税務の違い|課税される主体と税率の考え方
株式譲渡と事業譲渡では、「誰に」「どのような税金が」課されるかが根本的に異なります。
株式譲渡の場合
個人株主が株式を譲渡した場合、譲渡価額から取得費等を差し引いた譲渡所得に対して、所得税・住民税等を合わせて20%強(申告分離課税)の税率で課税されるのが基本です。給与所得などとは分離して課税され、税率が一定であることから、オーナー様の手取り額を見通しやすい点が特徴です。
事業譲渡の場合
譲渡対価を受け取るのは会社であるため、譲渡益は会社の他の損益と通算されたうえで法人税等の課税対象となります(法人の実効税率はおおむね30%前後が目安です。2026年4月1日以後に開始する事業年度からは防衛特別法人税が導入されていますが、課税所得がおおむね2,400万円以下の中小企業では実質的な追加負担は生じない設計とされています)。また、譲渡資産のうち棚卸資産や建物・のれん等は消費税の課税対象となる点にも注意が必要です。さらに、会社に入った対価をオーナー様個人が受け取るには、役員退職金や配当などの形を取ることになり、そこで再び課税関係が生じます。個人が対価を直接受け取る株式譲渡と比べ、資金の流れと課税が二段階になる点が大きな違いです。
※ 税務の取り扱いは、株式の取得の経緯、資産の内容、退職金の設定など個別の事情によって大きく異なります。本稿は一般的な考え方の概説であり、実際の検討にあたっては必ず税理士等の専門家にご確認ください。会社売却の税金の全体像は「会社売却にかかる税金」の記事もご参照ください。
どちらを選ぶべきか|判断のポイント
スキームの選択は、売り手・買い手双方の目的と会社の状況から総合的に判断します。実務では、おおむね次のような観点が判断の軸になります。
- 会社を丸ごと引き継いでほしいのか、一部の事業だけを譲渡したいのか
- 従業員の雇用・処遇をどれだけ円滑に引き継ぎたいか(株式譲渡が有利)
- 許認可が事業継続の生命線か(再取得が難しい業種は株式譲渡が現実的)
- 簿外債務の懸念など、買い手がリスクを限定したい事情があるか(事業譲渡が選ばれやすい)
- 税引き後の手取り額はどちらが大きいか(税理士等への確認が不可欠)
中小企業の第三者承継では、手続きの簡便さと雇用・取引の継続性から株式譲渡が選ばれることが多いのが実情ですが、最適解は会社ごとに異なります。譲渡対価がいくらになりそうかという水準感は、スキーム検討と並行して押さえておきたいところです。企業価値の考え方は「企業価値評価(バリュエーション)の3つの方法」の記事と企業価値算定シミュレーターをご活用ください。
まとめ|スキーム選びは目的から逆算する
株式譲渡は会社の経営権を株式ごと移転する手法で、手続きがシンプルかつ雇用・契約・許認可の継続性に優れ、対価はオーナー様個人が受け取ります。事業譲渡は事業を個別に切り出して移転する手法で、対象を選べる柔軟さがある一方、個別の移転手続きが煩雑で、対価は会社が受け取り課税関係も二段階になります。どちらが適しているかは、「誰に・何を・どのような形で引き継ぎたいのか」という目的と、税引き後の手取り額から逆算して決めるべきものです。
当社プラチナパートナーズでは、お客様のご希望と会社の状況を丁寧に伺ったうえで、税理士等の専門家とも連携しながら最適なスキームをご提案しています。「自社の場合はどちらが合うのか」という段階のご質問でも構いません。どうぞお気軽にご相談ください。