株主がオーナー1人だけであれば、譲渡価格と税金の関係はシンプルです。しかし、創業メンバー、親族、取引先、かつての従業員など、株主が複数に分かれている会社では話が変わります。全員が同じ1株あたりの価格で売っても、税引後に手元に残る金額は株主ごとに違ってきます。
この事実を知らないまま交渉が進むと、クロージング直前になって「聞いていた金額と違う」という不満が噴き出し、売却そのものが揺らぐことがあります。本稿では、なぜ手取りが変わるのかを税務の観点から整理し、事前に何を確認しておくべきかをご説明します。株式の集約そのものについては「少数株主がいる会社の売却」もあわせてご覧ください。
同じ価格で売っても、手取りは株主ごとに違う
株式譲渡の税額は、譲渡価格そのものではなく譲渡益(もうけ)に対してかかります。個人株主であれば、次の計算です。
税額 = 譲渡所得 × 20.315%(個人株主の場合)
ここで効いてくるのが取得費です。同じ1株を同じ価格で売っても、その株をいくらで手に入れたかは株主ごとに違います。設立時に額面で引き受けた創業者、増資に応じた役員、相続で受け継いだ親族、後から買い集めた大株主——それぞれ取得費が異なるため、譲渡益も税額も変わるのです。
さらに、株主が法人であれば計算の仕組み自体が別になります。「1株いくら」で合意しても、その先の手取りは一人ひとり違う。これが複数株主の会社を売る際の出発点です。
個人株主と法人株主|課税の仕組みがそもそも違う
個人株主
非上場株式の譲渡益は、他の所得と分けて計算される申告分離課税の対象で、税率は所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%です。給与所得などがいくらあっても、この税率自体は原則として変わりません。譲渡した年の翌年に確定申告が必要です(「株式売却後の確定申告」)。
ただし、譲渡益が数億円規模になる株主については、ミニマムタックス(極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置)により実質的な負担が20.315%を上回ることがあります。2025年分の所得から特別控除3.3億円・税率22.5%で適用され、2027年分の所得からは特別控除1.65億円・税率30%に強化されます。株式の譲渡には、2026年12月31日までに譲渡契約を締結した場合に現行制度が適用される経過措置があります。複数株主のうち特定の一人だけがこの措置の影響を受ける、という状況も起こり得ます。
法人株主
持株会社や取引先など、株主が法人である場合、譲渡益はその法人の所得に取り込まれ、法人税等の課税対象になります。法人の実効税率はおおむね30%前後といわれます(規模や所得の状況によります)。個人株主のように分離して一律の税率が適用されるわけではなく、その法人にほかの損益があれば通算される点が大きな違いです。繰越欠損金があれば税負担が抑えられることもあれば、逆に他の利益と合わさって負担が増えることもあります。
また、法人が受け取った資金を個人株主に渡すには、配当や役員報酬・退職金といったもう一段の手続きと課税が必要です。持株会社を経由する構造の場合、この点まで含めて考えないと手取りの全体像は見えません(「法人が株主の会社を売るとき」)。
取得費が株主ごとに違う|創業・相続・買い集め
取得費は、株式を手に入れた経緯によって決まります。典型的なパターンを挙げます。
- 設立時に出資した:払い込んだ金額が基礎になります。額面で引き受けていれば取得費は小さく、譲渡益は大きくなりやすい形です。
- 増資に応じた:その時点の払込金額が基礎になります。時期によって単価が異なる場合、株主ごとに差が生じます。
- 相続・贈与で取得した:原則として、前の所有者の取得費を引き継ぐ考え方が取られます。「相続税評価額で取得した」わけではない点は誤解されやすいところです。
- 他の株主から買い取った:実際に支払った金額が基礎になります。買い集めを進めていた大株主は、取得費が比較的大きくなることがあります。
- 取得費が分からない:資料が残っていない場合には、譲渡価格の5%を取得費とみなす取り扱い(概算取得費)が用いられることがあります。
ここで実務上のポイントになるのが、資料の有無です。数十年前の出資や名義変更の記録が残っていないことは珍しくありません。取得費を裏付ける資料が見つかるかどうかで税額が変わる以上、売却を考え始めた段階で、株主名簿・登記の変遷・過去の増資の議事録・払込を示す資料などを洗い出しておく価値があります(「株主名簿の整備」)。
名義株・親族株主に固有の論点
中小企業では、設立時の発起人要件を満たすために名義だけを借りた株式(いわゆる名義株)や、相続対策で親族に分散した株式が残っていることがあります。これらは税務上、慎重な確認が必要な領域です。
- 名義株:名義人と実質的な所有者が異なる状態です。誰が譲渡人として対価を受け取るのか、その対価は誰の所得になるのかが問題になります。実態を整理しないまま名義人に支払うと、贈与とみなされる余地も生じます。整理は早いほど容易です(「名義株とは」)。
- 親族間での事前の株式移動:売却が具体化してから親族に株式を移すと、その移動自体の評価(贈与税・所得税)が論点になります。売却価格の目処が立った後の移動は、評価額の説明が難しくなりがちです。
- 従業員持株会・少数株主:買い手が100%取得を求めることが多いため、集約の手順と、集約時の価格の妥当性が論点になります。
いずれも「後で直せばよい」と考えにくい種類の論点です。買い手のデューデリジェンスで指摘されると、価格や契約条件の見直しにつながることもあります。
事前の合意形成|説明の順番とタイミング
税務の整理と同じくらい大切なのが、株主間の合意形成です。実務では、次の順序で進めると混乱が少なくなります。
- ①株主の実態を確定する:名簿・登記・過去の議事録を突き合わせ、誰が何株を、どの経緯で保有しているかを確定します。
- ②取得費の資料を集める:株主ごとに、取得の経緯を裏付ける資料の有無を確認します。
- ③手取りの目安を株主ごとに試算する:1株あたりの価格が同じでも、税引後の金額は異なることを、数字で共有します。
- ④売却の意向を確認する:全員が同じ条件で応じられるか、応じない株主がいる場合の対応を検討します。
- ⑤情報の範囲を決める:誰に、いつ、どこまで伝えるか。交渉中の情報が広がると、まとまるものもまとまりません(「秘密保持の実務」)。
特に③を飛ばすと、後で「同じ株数なのに、なぜ受取額が違うのか」という話になります。理由は税制上の仕組みであって不公平ではないのですが、それを説明するのは早いほど楽です。当社では、株主が分散している案件では、この整理を初期の段階でご一緒しています。
まとめ|「1株いくら」の先を、早めに共有する
複数株主の会社を売却する場合、合意すべきは「1株いくらで売るか」だけではありません。株主ごとに取得費が異なり、個人か法人かで課税の仕組みも変わるため、税引後の手取りは一人ひとり違います。名義株や親族間の株式移動といった論点が残っていれば、さらに確認が必要になります。
これらは、買い手が現れてから整理するには時間が足りない領域です。株主構成に不安がある、過去の経緯が分からない資料がある——そうした段階でこそ、ご相談いただく価値があります。個別の税務の取り扱いは必ず税理士にご確認ください。当社では株主の整理から手取りの試算、専門家との連携までお手伝いしています。