M&Aで会社の株式を売却(株式譲渡)した個人株主にとって、取引の完了は「終わり」ではありません。譲渡益が出た場合、原則として譲渡した年の翌年に確定申告を行い、自ら納税する必要があります。長年、税金の手続きを会社の経理や年末調整に任せてきた経営者様にとって、まとまった金額の確定申告は初めての経験になることがほとんどです。本稿では、株式売却後の確定申告について、申告分離課税の基本、申告の時期、必要書類、譲渡所得の計算の考え方、そして近年の制度変更の注意点までを整理します。
株式譲渡益は「申告分離課税」|税率20.315%の基本
個人が株式を譲渡して得た利益(譲渡所得)には、申告分離課税という方式で税金がかかります。給与所得や事業所得のように他の所得と合算して累進税率を適用するのではなく、株式の譲渡所得だけを切り分けて、一律の税率で課税する仕組みです。
税率は、所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%です。譲渡益がどれだけ大きくても原則としてこの税率が適用されるため、累進課税で税率が上がっていく給与所得などと比べ、金額が大きくなるM&Aの場面では相対的に負担を計算しやすい方式といえます。
- 課税方式:申告分離課税(他の所得と分離して計算)
- 税率:20.315%(所得税15%+復興特別所得税0.315%+住民税5%)
- 課税対象:譲渡価額そのものではなく、取得費・譲渡費用を差し引いた「譲渡益」
「分離課税だから会社や証券会社が処理してくれる」と誤解されることがありますが、M&Aによる非上場株式の譲渡は、源泉徴収で完結する上場株式の特定口座取引とは異なります。ご自身で確定申告をしなければ納税が完了しない点を、まず押さえてください。会社売却にかかる税金の全体像は「会社売却にかかる税金」でも解説しています。
確定申告の時期|譲渡した年の翌年に申告する
株式譲渡の確定申告は、譲渡した年の翌年の確定申告期間(原則として2月16日から3月15日まで)に行います。たとえば2026年中に譲渡が完了して対価を受け取った場合、2027年のこの期間に、その年の他の所得(役員報酬・退職金など)と併せて申告するのが原則です。
ここで実務上とても重要なのが、納税資金の管理です。譲渡対価はクロージング時に受け取りますが、納税はその翌年です。受け取った資金を運用や再投資に回してしまい、申告時期に納税資金が不足する——という事態は避けなければなりません。譲渡対価のうち税金相当分は、納税が終わるまで手を付けずに確保しておくのが鉄則です。
また、譲渡契約で対価の一部が後日払い(分割払いや条件付き対価)となるケースでは、どの年の所得としていつ申告するかの判断が必要になります。契約条件が複雑な場合は、契約締結の前に税理士へ相談しておくと安心です。
準備しておきたい必要書類
申告書の作成は税理士に依頼するのが一般的ですが、その材料となる書類はご自身で揃える必要があります。M&Aの局面では、おおむね次のような書類が必要になります。
- 株式譲渡契約書(譲渡価額・譲渡日・支払条件がわかるもの)
- 対価の入金がわかる資料(振込明細・通帳の写しなど)
- 取得費を証明する資料(設立時の定款・出資払込の記録、増資の記録、株式を買い取った際の売買契約書、相続で取得した場合は相続税申告書など)
- 譲渡費用の資料(M&A仲介会社への手数料の請求書・領収書など)
- 本人確認書類・マイナンバー関係書類
- その年の他の所得の資料(役員報酬の源泉徴収票、退職金の源泉徴収票など)
このうち経営者様が最もつまずきやすいのが、次章で述べる取得費の資料です。創業から数十年が経過していると、設立時の記録が手元に残っていないことも珍しくありません。M&Aの検討を始めた段階で、あわせて探し始めることをおすすめします。
譲渡所得の計算|取得費と譲渡費用を確認する
課税の対象となる譲渡所得は、譲渡価額そのものではなく、次の算式で計算した「儲け」の部分です。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 譲渡価額 | 株式譲渡契約で定めた売却代金 |
| 取得費 | その株式を取得するために要した金額(創業時の出資額、増資払込額、買取時の代金など) |
| 譲渡費用 | 譲渡のために直接要した費用(M&A仲介手数料など) |
| 譲渡所得 | 譲渡価額 − 取得費 − 譲渡費用 |
取得費が大きいほど、また譲渡費用を漏れなく計上するほど、課税対象となる譲渡所得は小さくなります。創業社長の場合、取得費は設立時の出資額と増資の払込額の合計が基本になります。相続や贈与で株式を引き継いだ場合は、原則として先代の取得費を引き継ぐ扱いになるため、先代の取得の経緯まで遡って資料を確認する必要があります。
取得費の資料がどうしても見つからない場合の取り扱いには一定の方法が定められていますが、どの方法が使えるか・有利かは個別性が高い論点です。自己判断せず、必ず税理士に確認してください。相続した株式の売却に関する論点は「相続した株式の売却」でも解説しています。
近年の制度変更|ミニマムタックスと防衛特別所得税
基本の税率は20.315%ですが、近年は高額の譲渡益に関わる制度変更が続いています。売却時期の検討にも影響するため、概要を押さえておきましょう。
ミニマムタックス(極めて高い水準の所得に対する負担措置)
2025年分の所得から、極めて高い水準の所得に対する追加的な負担措置(いわゆるミニマムタックス)が始まっています。その年の所得から3.3億円の控除を差し引いた金額に22.5%を乗じた額が通常の所得税額を上回る場合、その差額が追加で課税される仕組みです。さらに2027年分からは控除額1.65億円・税率30%へと強化される予定で、大型のM&Aでは手取り額に影響し得ます。詳細は「ミニマムタックスと会社売却」をご覧ください。
防衛特別所得税
2027年1月からは、基準所得税額の1%の防衛特別所得税が課されます。ただし同時に復興特別所得税の税率が2.1%から1.1%に引き下げられるため、付加税率の合計は2037年まで変わらず、株式譲渡益にかかる20.315%という水準も実質的に維持される見込みです。
これらの制度は適用時期・要件が細かく定められており、譲渡のタイミングによって適用関係が変わります。大型の譲渡を検討している場合ほど、契約前の段階で税理士を交えたシミュレーションを行うことが重要です。
まとめ|申告の準備はM&Aの検討段階から
株式売却後の確定申告のポイントを整理します。
- 株式譲渡益は申告分離課税・税率20.315%。自ら確定申告しなければ納税は完結しない
- 申告は譲渡した年の翌年(原則2月16日〜3月15日)。税金相当分の資金は納税まで確保しておく
- 譲渡契約書・入金資料・取得費の資料・仲介手数料の領収書などを早めに揃える
- 課税対象は「譲渡価額 − 取得費 − 譲渡費用」。取得費の確認は検討段階から始める
- ミニマムタックス・防衛特別所得税など近年の制度変更は売却時期の判断に影響し得る
確定申告は譲渡の翌年の話ですが、その準備はM&Aの検討段階から始まっています。当社プラチナパートナーズは、税務の個別判断は税理士の領分と考えたうえで、顧問税理士との連携も含めて、手取り額を見据えたM&Aの進め方をご一緒に検討します。相談料は無料です。