「株式を手放す」という同じ結果に見えても、誰がその株式を買うのかによって、税務上の扱いはまったく違うものになります。買い手が第三者(他の会社や個人)であれば、原則として譲渡所得の話です。ところが、買い手が発行会社自身、つまり会社が自社の株式を買い取る「自己株式の取得」となると、対価の性格が二つに分かれ、課税の分類が変わります。

事業承継やM&Aの入口では、この二つが並んで検討されることがよくあります。少数株主の持分を整理したい、先代の相続人が持つ株式を会社で引き取りたい、あるいはオーナー自身の持分の一部を現金化したい——こうした場面で、「会社に買ってもらう」か「第三者に譲る」かは、手取り額にも、会社の財務にも影響します。本稿では、両者で税負担の考え方がどう変わるのかを、経営者の視点から整理します。

※ 本稿は一般的な税制の仕組みをご紹介するものであり、特定の取引に関する税務アドバイスではありません(記載は2026年8月時点の制度に基づきます)。実際の課税関係は、株主の属性、資本金等の額、取得の経緯などによって異なります。具体的な適用は税理士にご確認ください。

同じ「株式を売る」でも、買い手で分類が変わる

まず全体像です。個人株主が株式を手放す場面を、買い手ごとに並べてみます。

買い手対価の性格課税の分類(個人株主の場合)
第三者(他社・他の個人)すべて株式の譲渡対価譲渡所得として申告分離課税(一般に20.315%)
発行会社自身(自己株式の取得)資本の払戻しにあたる部分と、それを超える部分に分かれる前者は譲渡所得、後者は配当とみなされ総合課税の対象(みなし配当)

ポイントは、第三者への譲渡が「株主と買い手の間のやり取り」であるのに対し、自己株式の取得は「会社から株主へお金が出ていく」取引だという点です。会社の財産が株主に払い出される以上、その一部は利益の分配、すなわち配当と同じ性格を持つと考えられ、そのように課税されます。これが、いわゆるみなし配当の考え方です。

この違いは、単なる名称の問題ではありません。譲渡所得は他の所得と分離して一律の税率で課税されるのに対し、配当とみなされた部分は総合課税の対象となり、その方の他の所得と合算して累進的に課税される仕組みが基本です。したがって、同じ金額を受け取っても、手取りが変わり得るのです。

第三者へ譲渡する場合|シンプルな分離課税

M&Aで最も多い形は、オーナー個人が保有株式を買い手企業に譲渡する株式譲渡です。この場合、譲渡価格から取得費と譲渡費用を差し引いた譲渡所得に対し、他の所得と分離して課税されます。一般的な税率は所得税・復興特別所得税・住民税を合わせて20.315%です。

この方式の特徴は、金額が大きくなっても税率が一律であることと、会社の資金を使わないことです。対価を支払うのは買い手であり、会社の現預金は減りません。むしろ、買い手の資金力を使って株主が現金を得る構造ですから、会社の財務体力を損なわずに承継を完了できます。手取り額の計算構造は「会社売却にかかる税金|株式譲渡益課税と手取り額の考え方」で解説しています。

ただし、譲渡益が数億円規模になる場合には、いわゆるミニマムタックス(極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置)の適用により、実質的な負担が上振れする可能性があります。2025年分の所得から適用が始まり、2027年分の所得からは強化されることとされているため、規模の大きい譲渡では契約の時期も含めた検討が必要です。

発行会社に買い取ってもらう場合|対価が二つに分かれる

一方、会社が自社の株式を買い取る自己株式の取得(いわゆる金庫株)では、株主が受け取る対価が二つの性格に分解されます。

  • 資本の払戻しにあたる部分:出資したお金が戻ってきたと評価される部分で、株式の譲渡対価として扱われます。
  • それを超える部分:会社が蓄積してきた利益の分配と評価され、配当を受け取ったものとみなされます(みなし配当)。

長年黒字を重ねてきた会社ほど、利益剰余金が厚くなっており、後者の割合が大きくなりやすい傾向があります。つまり、業績のよい会社ほど、自己株式の取得では配当扱いとなる部分が大きくなりやすいということです。分離課税で完結する第三者への譲渡と比べ、手取りの見え方が変わる理由がここにあります。

どの部分がいくらになるかは、会社の資本金等の額や発行済株式数、取得する株式数によって決まり、決算書だけを見て感覚的に判断できるものではありません。金額の試算は必ず税理士にご確認ください。みなし配当が生じる仕組みそのものについては「みなし配当とは|自己株式の取得で生じる課税に注意」で詳しく解説しています。

例外的に譲渡所得として扱われる場合

もっとも、相続によって取得した非上場株式を、一定の期間内に発行会社へ譲渡する場合には、みなし配当としないで全体を譲渡所得として扱う特例が設けられています。相続税の納税資金を用意する場面などで検討されるもので、期限のある制度です。相続直後の売却における期限の整理は「相続直後に会社を売る場合の税務|取得費加算の特例と期限」をご覧ください。

会社側の制約|払える会社と、払えない会社がある

税務と並んで見落とせないのが、会社側の制約です。自己株式の取得は、会社の財産を株主に払い出す行為ですから、会社法上の手続きと財源の規制がかかります。

  • 分配可能額の範囲内でしか行えない:剰余金の額を基礎に計算される分配可能額を超える取得はできません。利益剰余金が薄い会社では、そもそも実行できないことがあります。
  • 株主総会の決議など、所定の手続きが必要:特定の株主から取得する場合には、他の株主への配慮を含む手続きが求められます。
  • 現預金が確実に減る:買い取り代金は会社のキャッシュです。運転資金や設備投資、借入金の返済に影響しないか、実行前に資金繰りの検証が欠かせません。

会社法上の手続きと資金繰りへの影響は「自己株式の取得(金庫株)を使った事業承継|資金と課税の注意点」で整理しています。第三者への譲渡が「買い手のお金」で完結するのに対し、自己株式の取得は「自社のお金」で行う——この違いは、承継後の会社の体力に直結します。

どちらを選ぶか|場面別の考え方

実務では、二つを対立するものとして捉えるのではなく、場面に応じて使い分ける、あるいは組み合わせるのが一般的です。

会社そのものを第三者に引き継ぐとき

事業承継としてM&Aを行うのであれば、株式譲渡が中心になります。買い手は原則として100%の取得を望むため、オーナーの持分は第三者へ譲渡することになります。この場合、会社の現預金は残り、買い手にとっても魅力になります。

散らばった少数株主を整理したいとき

先代の兄弟や取引先など、経営に関与しない少数株主が残っている場合、会社が買い取ることで株主構成を整える方法が検討されます。オーナーが個人資金で買い集める方法もありますが、資金負担の所在が変わるため、どちらが現実的かは会社と個人の財務状況次第です。株式の集約の進め方は「株式が分散している会社の売却|名義株・少数株主の整理方法」で解説しています。

M&Aの前段として資本を整えるとき

買い手が現れてから株主構成を整えようとすると、交渉と並行しての作業になり、時間的な余裕がありません。将来の売却を視野に入れているのであれば、資本の整理は買い手探索より前に着手しておくのが安全です。ただし、直前に会社の現預金を減らす取引を行えば、譲渡価格の算定に影響することもあります。順序と規模の設計には、税務と評価の両面からの検討が必要です。

いずれの場面でも、判断材料は「税負担」だけではありません。会社に残る現金、他の株主との公平性、手続きに要する時間、そして将来の売却可能性まで含めて考える必要があります。個別の税務の取り扱いについては、必ず税理士にご確認ください。当社は税務判断を行う立場ではありませんが、M&Aを見据えた資本構成の整理については、税理士の先生と連携しながらご一緒に検討します。

まとめ|「誰が買うか」を決める前に、影響の全体を見る

会社が自社株を買い取る場合と、第三者へ譲渡する場合とでは、課税の分類が変わります。第三者への譲渡は譲渡所得としての分離課税で完結し、会社の資金も減りません。発行会社への譲渡は、対価が資本の払戻し部分と配当とみなされる部分に分かれ、加えて分配可能額の制約と資金流出を伴います。

どちらが有利かは、会社の資本構成、剰余金の水準、株主それぞれの事情によって変わり、一般論で決められるものではありません。確かなのは、「誰に買ってもらうか」という一見手続き的な選択が、手取り額にも会社の財務にも効いてくるということです。

当社では、株主構成の整理からM&Aの実行まで、税理士等の専門家と連携しながら一貫してお手伝いしています。「まだ売ると決めたわけではないが、株がばらけていて気になる」という段階でも構いません。ご相談は無料、秘密は厳守いたします。

よくあるご質問

A.課税の分類と、会社の資金への影響が違います。第三者への譲渡は、譲渡所得として他の所得と分離して課税され(一般に20.315%)、対価を支払うのは買い手ですから会社の現預金は減りません。一方、発行会社が買い取る自己株式の取得では、対価が資本の払戻しにあたる部分と、それを超える部分に分かれ、後者は配当とみなされて総合課税の対象になります。加えて、買い取り代金は会社のキャッシュから出ていきます。具体的な適用は税理士にご確認ください。
A.そうした傾向があります。長年黒字を重ねてきた会社ほど利益剰余金が厚く、配当とみなされる部分の割合が大きくなりやすいためです。配当とみなされた部分は総合課税の対象となり、その方の他の所得と合算して累進的に課税される仕組みが基本ですので、分離課税で完結する第三者への譲渡と比べて、手取りの見え方が変わります。どの部分がいくらになるかは資本金等の額や発行済株式数などで決まり、決算書だけを見て感覚的に判断できるものではありません。
A.できるとは限りません。自己株式の取得は会社の財産を株主に払い出す行為ですから、会社法上の手続きと財源の規制がかかります。剰余金の額を基礎に計算される分配可能額を超える取得はできず、利益剰余金が薄い会社ではそもそも実行できないことがあります。株主総会の決議など所定の手続きも必要で、特定の株主から取得する場合には他の株主への配慮を含む手続きが求められます。現預金が確実に減りますので、資金繰りの検証も欠かせません。
A.株式譲渡が中心になります。買い手は原則として100%の取得を望むため、オーナーの持分は第三者へ譲渡することになります。この形では会社の現預金が残るため、買い手にとっても魅力になります。自己株式の取得が検討されるのは、散らばった少数株主の持分を整理する場面など、株主構成そのものを整える局面です。なお、相続によって取得した非上場株式を一定の期間内に発行会社へ譲渡する場合には、全体を譲渡所得として扱う期限付きの特例もあります。適用の可否は税理士にご確認ください。

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Author & Supervisor

執筆・監修:株式会社プラチナパートナーズ 取締役副社長 神垣 宏康

東京都千代田区(日比谷)のM&A仲介・事業承継アドバイザリーファーム、株式会社プラチナパートナーズ取締役。成功報酬型のもと、中小企業の事業承継・会社売却を初回相談から成約まで一気通貫で支援しています。役員紹介・会社概要はこちら