M&Aの手法(スキーム)として代表的なのが、株主が持つ株式を売る「株式譲渡」と、会社が事業そのものを切り出して売る「事業譲渡」です。この二つは、契約や手続きが違うだけでなく、税金を誰がいつ負担するのかという構造がまったく異なります。同じ「1億円で売る」でも、手元に残る金額は変わり得るということです。
本稿では、株式譲渡と事業譲渡の課税の違いを、売り手・買い手それぞれの視点から整理します。手続きや従業員・許認可の引き継ぎまで含めた総合的な比較は「株式譲渡と事業譲渡の違い」を、税額計算の基本は「会社売却にかかる税金」をあわせてご覧ください。
税金は「誰が」「どの段階で」払うかで決まる
スキームによる税金の違いを理解する近道は、金額の大小ではなく「対価を受け取るのは誰か」から考えることです。ここがずれると、税率の比較だけをしても答えが出ません。
- 株式譲渡:対価を受け取るのは株主です。会社の財布は動きません。個人株主であれば、譲渡益に対する所得税・住民税等が一段だけかかります。
- 事業譲渡:対価を受け取るのは会社です。会社の利益として法人課税を受け、そのお金をオーナー個人が受け取るには、配当や役員退職金など、もう一段の手続きと課税を経る必要があります。
つまり、株式譲渡は「一段課税」、事業譲渡でオーナー個人の手元まで資金を移そうとすると「二段課税」になりやすい、というのが基本構造です。中小企業のM&Aで株式譲渡が選ばれることが多い理由のひとつが、この構造の単純さにあります。
もっとも、事業譲渡が不利と決めつけることもできません。会社に繰越欠損金がある、法人格を手元に残したい、譲渡する事業を絞りたいといった事情があれば、事業譲渡のほうが合理的になる場面もあります。
売り手の視点|株主に課税されるか、会社に課税されるか
株式譲渡の場合
個人株主が非上場株式を譲渡した場合、譲渡益は他の所得と分離して課税されます(申告分離課税)。税率は所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%です。課税対象は「譲渡価格 −(取得費 + 譲渡費用)」で計算した譲渡所得で、譲渡益が大きくなっても税率は原則として変わりません。
ただし、譲渡益が数億円規模になる場合は、いわゆるミニマムタックス(極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置)により実質的な負担が20.315%を上回ることがあります。2025年分の所得から特別控除3.3億円・税率22.5%で適用されており、2027年分の所得からは特別控除1.65億円・税率30%に強化されます。株式の譲渡については、2026年12月31日までに譲渡契約を締結した場合は現行制度が適用される経過措置が設けられています。
なお、株主が法人(持株会社など)である場合は、譲渡益が法人の所得に取り込まれ、法人税等の対象となります。個人株主の20.315%とは別の計算になる点に注意してください。
事業譲渡の場合
事業譲渡では、譲渡対価と譲渡する資産の帳簿価額との差額(譲渡益)が会社の所得に加算され、法人税等が課されます。法人の実効税率はおおむね30%前後といわれます(会社の規模や所得の状況によって異なります)。ここで生じた利益をオーナー個人が受け取るには、配当・役員退職金・会社清算といった経路をたどることになり、それぞれの経路ごとに個人側の課税が生じます。
実務では、対価の一部を役員退職金として設計する検討が行われることもあります。退職所得には税制上の取り扱いがある一方、金額の妥当性が問われるため、「役員退職金はいくらまで損金になるか」で解説している論点の確認が欠かせません。
買い手の視点|取得価額に積むか、費用にできるか
税金の違いは、買い手側の損得にも影響します。ここは価格交渉にも関わるため、売り手も理解しておく価値があります。
株式譲渡を選んだ買い手
買い手が支払った金額は「子会社株式」という資産の取得価額になります。株式は原則として償却しないため、支払額が毎期の損金として費用化されていくわけではありません。買収によって生じた「のれん」に相当する価値も、会計上は連結財務諸表で処理される話であって、単体の税務上の損金にただちに結びつくものではありません。
一方で、対象会社の税務上の地位はそのまま引き継がれます。過去の申告に誤りがあれば、そのリスクも会社に付いてきます。だからこそ買い手は税務デューデリジェンスを行います(「税務デューデリジェンスとは」)。
事業譲渡を選んだ買い手
事業譲渡では、買い手は個々の資産を時価で取得し、対価が受け入れ資産の時価を上回る部分は税務上の資産調整勘定(いわゆるのれん)として扱われ、一定期間にわたり損金算入されていくのが原則です。買い手にとっては、支払額の一部が将来の課税所得を減らす効果を持つことになります。
また、契約や許認可を個別に承継し直す必要がある一方で、簿外債務や過去の税務リスクを原則として引き継がないという利点もあります。買い手が事業譲渡を希望する背景には、この「リスクの遮断」と「のれんの損金算入」の二つが並んでいることが少なくありません。
この非対称性は、価格交渉に現れます。買い手にとって有利なスキームは売り手にとって不利になりやすく、逆もまた然りです。だからこそ「どちらのスキームか」は、価格と切り離さずに議論する必要があります。
消費税・流通税の違い|事業譲渡で追加的に生じる負担
株式譲渡では、株式の売買そのものは消費税の課税対象になりません。これに対し事業譲渡では、譲渡する資産のうち課税資産(棚卸資産、機械設備、のれんなど)について消費税(標準税率10%)の課税対象となります。土地や一部の債権など非課税とされる資産もあるため、譲渡対象を課税・非課税に区分して計算することになります。詳しくは「M&Aと消費税」をご覧ください。
さらに、不動産を移転する場合には登録免許税や不動産取得税といった流通税が生じ得ます。株式譲渡では会社が不動産を持ったまま株主が変わるだけなので、これらは原則として発生しません。不動産を多く持つ会社では、この差が金額として無視できない大きさになることがあります(「不動産を含む会社を売るときの税務」)。
契約書に貼る印紙(印紙税)も、契約の種類によって扱いが異なります。この点は「M&A契約書と印紙税」で整理しています。
税金だけでスキームを決めない|判断の順番
ここまで税金の違いを見てきましたが、実務でスキームを決める順番は、必ずしも税金が先ではありません。多くの場合、次のような順で絞り込まれていきます。
- ①譲渡したい範囲:会社ごとか、一部の事業だけか。不動産や関係会社を手元に残したいか。
- ②承継の可否:許認可、主要な取引契約、賃貸借契約、従業員の雇用が個別に引き継げるか。引き継ぎに相手方の同意が必要な契約(チェンジ・オブ・コントロール条項を含む)がどれだけあるか。
- ③リスクの所在:簿外債務や係争の可能性があるか。買い手がリスク遮断を強く求めているか。
- ④税務・手取り:上記を満たす選択肢の中で、税引後の手取りがどうなるか。
①〜③で選択肢が事実上ひとつに絞られることも珍しくありません。逆に、複数の選択肢が残る場合には、税引後の手取りが決め手になります。税金の話を最初に持ち出すよりも、「何を売り、何を残すのか」を先に固めるほうが、結果的に話が早く進みます。
まとめ|「税引後にいくら残るか」で比べる
株式譲渡と事業譲渡は、税金の構造が根本的に異なります。株式譲渡は株主に一段課税、事業譲渡は会社への法人課税を経てもう一段、というかたちです。買い手側では、株式譲渡なら取得価額として資産に、事業譲渡なら資産調整勘定として一定期間の損金に、という違いが生まれます。消費税や流通税の有無も加わります。
比較すべきは提示価格そのものではなく、それぞれのスキームで最終的に手元に残る金額です。当社では、譲渡価格の目安の整理から、スキームごとの手取りイメージの比較、税理士等の専門家との連携までをお手伝いしています。まだ検討の初期段階でも構いませんので、お気軽にご相談ください。