M&Aでは、仲介やFAへの手数料のほかに、デューデリジェンスの費用、弁護士や公認会計士への報酬、登記の費用がかかります。これらをどう処理するのかは、支払った側が売り手か買い手か、そして何を取得したのかで変わります。
結論の方向だけ先に書くと、買い手が株式を取得するために払った費用は、株式の取得原価に含める扱いになるものがあり、支払った期の費用として落ちないことがあります。売り手が株式を売るために払った費用は、譲渡所得の計算上、譲渡費用として扱われる余地があります。いずれも個別の判断が必要なので、実際の処理は必ず税理士に確認してください。ここでは論点の在りかを整理します。
支出の種類を分けて考える
まず、何に払ったのかを分けます。
- 仲介手数料・FA報酬。相手探しから成約までの助言に対する報酬。
- デューデリジェンスの費用。財務・税務・法務・労務の調査を外部に依頼した費用。買い手が負担するのが通常です。
- 弁護士・税理士・公認会計士への報酬。契約書の作成・レビュー、税務の検討など。
- 登記・登録の費用。会社分割や合併では登記が必要で、登録免許税がかかります。
- 印紙税。契約書の種類によって課されます。
この分け方が必要なのは、同じ「M&Aの費用」でも扱いが分かれるからです。株式の取得に直接要した費用と、それ以外の費用で、処理が変わる場面があります。
買い手が株式を取得した場合
買い手が他社の株式を買った場合、支払った株式の代金は資産(子会社株式・関係会社株式など)になります。問題は、それに付随して払った手数料や調査費用の扱いです。
会計上は、株式の取得に直接要した支出を取得原価に含める扱いと、発生した期の費用とする扱いがあり、適用する会計基準や支出の性質によって分かれます。税務上も、株式の取得価額に含めるべきものと、その期の損金になるものの区分があります。取得原価に含めると、その期の費用にはなりません。株式を売るまで、あるいは減損などの事由が生じるまで、損益に表れないことになります。
この違いは、買収した期の利益に直接響きます。手数料の金額が大きい取引では、どちらに振るかで決算の見え方が変わるため、契約を結ぶ前の段階で税理士・会計士に確認しておくのが実務的です。後から振り分けを変えるのは難しくなります。
買い手が事業や資産を取得した場合
株式ではなく事業を買った場合(事業譲渡)、話が変わります。取得した資産と負債を個別に受け入れ、支払った対価がそれらの時価の合計を上回る部分が、のれんになります。
のれんは一定の期間にわたって償却する扱いとなり、税務上も資産調整勘定として扱われる場合があります。付随して払った手数料や調査費用についても、取得した資産の取得価額に含めるべきものと、その期の費用になるものの区分が出てきます。
さらに事業譲渡では、消費税の扱いが株式の譲渡とは異なります。株式の譲渡は消費税が課されない取引ですが、事業譲渡では、譲渡する資産のうち課税対象となるものについて消費税が発生します。買い手にとっては仕入税額控除の論点になり、売り手にとっては預かった消費税の納付の論点になります。金額が大きくなるため、見積りの段階で入れておく必要があります。
売り手が払った費用の扱い
売り手が個人の株主として株式を売った場合、譲渡所得の計算は「収入金額 − (取得費 + 譲渡費用)」になります。株式の譲渡益には所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%が課されます(2026年8月時点)。
ここで論点になるのが、仲介手数料や専門家への報酬が譲渡費用として控除できるかです。譲渡のために直接要した費用であれば控除の対象になりますが、どこまでが「直接要した」にあたるかは個別の判断になります。領収書と、何に対する報酬かが分かる資料を残しておくことが前提になります。
会社が株主として株式を売った場合は、法人の所得の計算になり、譲渡損益が算入されます。この場合も、売却に要した費用の扱いが論点になります。個人か法人か、株式か事業かで計算の枠組みが変わるので、見積りは早い段階で取ってください。
見積りの段階で、税引き後で並べる
実務でいちばん効くのは、手取りで比べることです。提示された金額だけを見ると、A案のほうが高く見えても、税引き後ではB案のほうが残ることがあります。株式を売る形と事業を売る形では、課税の枠組みが違うためです。
事業を売る形では、対価がいったん会社に入ります。そこから個人に移す段階で、配当か、役員退職金か、会社の清算を経た残余財産の分配かで、課される税が変わります。株式を売る形では、個人に直接入ります。
どの形が有利かは、会社の資産の構成、株主の構成、借入の状況、退職金の規定によって変わります。「この方法が有利」という一般論は当てになりません。自社の数字を入れて、税引き後の手取りと、手数料を含めた支出を並べてください。
ここに書いた会計・税務の扱いは、制度の改正と個別の事情で結論が変わります。実際の処理は必ず税理士に確認してください。