「株式の譲渡益は分離課税だから、給与や年金には影響しない」。おおまかにはそのとおりですが、実際には、譲渡益が加わることで変わってくるものがあります。所得金額を基準に判定される控除や制度が、その代表です。本稿では、株式を譲渡した年に、他の所得との関係で確認しておきたい点を整理します。
※ 本稿は一般的な税制の仕組みをご紹介するものであり、特定の取引に関する税務アドバイスではありません。税制は改正によって変わるため(本稿の記載は2026年8月時点の制度に基づきます)、適用関係は個別の事情によって異なります。実際のご検討にあたっては、必ず最新の情報をご確認のうえ、税理士等の専門家にご相談ください。
分離課税の意味を、正確に押さえる
個人株主が非上場株式を譲渡した場合の譲渡所得は、申告分離課税です。給与所得や事業所得のように合算して累進税率を適用するのではなく、他の所得と分けて、所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%の税率で計算します。
この仕組みのおかげで、譲渡益がいくら大きくても、給与所得に適用される税率が跳ね上がるということはありません。累進課税であれば所得が増えるほど税率が上がりますが、株式の譲渡所得は切り離されているためです。
ただし、「税率の計算が分かれている」ことと、「あらゆる面で無関係」であることは同じではありません。税額を計算する過程では、複数の所得を合わせた金額が用いられる場面があり、そこを通じて影響が及びます。
譲渡の年は、いつもと同じ感覚で申告や各種の手続きを進めず、一度立ち止まって確認することをおすすめします。
所得金額を基準に判定されるもの
税制には、所得の合計額を基準に適用の可否や金額が決まる仕組みが数多くあります。代表的なものを挙げます。
- 配偶者控除・配偶者特別控除(申告する本人の所得金額によって適用が判定されます)
- 扶養控除の対象となるかどうかの判定(扶養される側の所得金額で判定されます)
- 基礎控除(所得金額に応じて金額が変わる仕組みになっています)
- 医療費控除(所得金額に応じて、差し引ける金額の計算が変わります)
- 寄附金控除の限度額(所得金額を基準に計算されます)
株式の譲渡所得は分離課税ですが、これらの判定に用いられる所得金額には算入されるのが基本です。その結果、譲渡があった年だけ、それまで受けられていた控除が受けられなくなったり、金額が変わったりすることがあります。
ご自身が扶養する側だけでなく、扶養される側になっている場合にも影響します。たとえば親族の扶養に入っている方が株式を譲渡すると、その方を扶養している親族の税額にも及び得るということです。
適用の詳細は制度ごとに定められており、判定に用いる所得の範囲も異なります。必ず税理士にご確認ください。
住民税・社会保険への波及
所得税だけでなく、住民税や社会保険の負担にも波及します。住民税は譲渡した年の翌年度に課税され、納付の時期も所得税とは異なります。所得税の納付を終えてほっとしたころに通知が届く、というのはよくあることです。
国民健康保険に加入している場合、保険料は所得を基礎に算定されますので、譲渡の翌年度の保険料が大きく変わる可能性があります。後期高齢者医療制度の保険料や、介護保険の自己負担割合についても、所得を基準とする判定が行われます。
会社を退任して健康保険の資格を失う場合、国民健康保険に加入するのか、任意継続を選ぶのかによって負担が変わります。譲渡の年は所得が大きくなりますので、選択によって差が出やすいタイミングです。
これらの点は「譲渡した翌年の住民税・社会保険料」でも詳しく整理しています。あわせてご確認ください。
同じ年に他の大きな所得がある場合
M&Aの年には、株式の譲渡益以外にも、まとまった所得が生じることがあります。役員退職金による退職所得、個人資産の譲渡による所得、退任までの役員報酬による給与所得などです。
それぞれ計算の仕組みが異なります。退職所得は分離して優遇された方法で計算され、給与所得は他の総合課税の所得と合算して累進税率が適用されます。株式の譲渡所得は一律の税率による分離課税です。三つ以上の区分が同じ年に並ぶことも珍しくありません。
この場合、区分ごとに税額を出したうえで、全体を眺めて資金計画を立てる必要があります。どこかを増やせばどこかが減るという単純な関係ではないため、税理士に一覧で試算してもらうのが確実です。
役員退職金の設計については「役員退職金を活用した会社売却」をご覧ください。金額の妥当性が問われる領域ですので、慎重な検討が必要です。
譲渡の年に、確認しておきたいこと
譲渡が決まったら、年内のうちに次の点を確認しておくと、翌年の申告で慌てずに済みます。
- 配偶者や扶養親族に関する控除の適用が、その年どうなるか
- ご自身が誰かの扶養に入っている場合、その方の申告への影響
- 医療費控除や寄附金控除を予定している場合、計算への影響
- 健康保険の切り替えについて、どの選択が有利か
- 翌年度の住民税・保険料を含めた、資金の見通し
寄附を検討している場合、限度額の計算は所得金額を基準に行われます。譲渡があった年は例年と前提が変わりますので、実行の前に確認しておくことをおすすめします。
当社では、相談料・着手金・月額報酬0円で初期のご相談を承っており、売却後の生活設計まで含めた見通しづくりをお手伝いしています。税務の具体的な判定については、必要に応じて税理士等の専門家と連携しながら進めます。
まとめ|分離課税でも、無関係ではない
株式の譲渡所得は申告分離課税であり、給与など他の所得の税率を押し上げることは原則としてありません。しかし、所得金額を基準に判定される控除や制度、住民税、社会保険料の算定を通じて、影響は確実に及びます。
譲渡の年は、いつもと同じ感覚で年末調整や各種の手続きを進めず、控除の適用、扶養の関係、保険の選択、翌年度の負担を一度まとめて確認しておくことをおすすめします。
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