確定申告を終えた後になって、「あの支出は譲渡費用に入れてよかったのか」「取得費の計算は正しかったのか」と気になることがあります。株式の譲渡は一生に何度もある取引ではないため、申告の段階では判断がつかなかった点が、後から整理されて見えてくることも珍しくありません。本稿では、納める税額が不足していたときに行う修正申告について、どんな場面で必要になるのか、いつ動くべきかを整理します。
※ 本稿は一般的な税制の仕組みをご紹介するものであり、特定の取引に関する税務アドバイスではありません。税制は改正によって変わるため(本稿の記載は2026年8月時点の制度に基づきます)、適用関係は個別の事情によって異なります。実際のご検討にあたっては、必ず最新の情報をご確認のうえ、税理士等の専門家にご相談ください。
修正申告とは、どういう手続きか
修正申告は、いったん提出した確定申告の内容を、納める税額が増える方向に訂正する手続きです。逆に、納めすぎていた場合には更正の請求という別の手続きがあり、どちらに該当するかで進め方が変わります。
株式の譲渡所得は、譲渡価格から取得費と譲渡費用を差し引いて計算し、所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%の税率で課税されます。この計算の要素のどこかに誤りがあれば、税額もずれることになります。
金額が大きい取引ほど、わずかな認識の違いが大きな差になります。数千万円の譲渡費用の扱いが変われば、税額の差は数百万円単位になり得ます。だからこそ、誤りに気づいた時点での対応が重要になります。
なお、修正申告を行うと、不足していた本税に加えて、加算される税や利息にあたる税の負担が生じます。その取り扱いは、自主的に申し出たのか、調査で指摘されたのかによって異なる仕組みになっています。
株式譲渡で誤りが起きやすい項目
実務でよく問題になるのは、次のような項目です。
- 取得費:増資や株式の買い集めの経緯が反映されていない、相続で引き継いだ株式の取得費の考え方を誤っている
- 譲渡費用:譲渡のために直接要した費用に当たらない支出まで差し引いている
- 譲渡価格:契約後の価格調整が反映されていない、対価の一部が別名目で支払われていた
- 所得の区分:株式の譲渡対価と、役員退職金や個人資産の譲渡対価が混在している
- 株主ごとの配分:複数の株主で譲渡した場合に、実際の配分と申告内容が一致していない
いずれも、契約や資金の流れを一つひとつ確認すれば整理できるものですが、申告の時期に資料が手元にそろっていないと判断を誤りやすくなります。取得費の考え方については「株式の取得費が分からないとき」もご参照ください。
どこまでが譲渡費用に該当するかは、個別の事情によって判断が分かれます。必ず税理士にご確認ください。
気づいたら、早く動く意味
誤りに気づいたとき、「指摘されるまで様子を見よう」と考えるのは得策ではありません。自主的に修正申告を行った場合と、税務署の調査を受けてから修正した場合とでは、加算される税の取り扱いが異なる仕組みになっているためです。
また、時間が経つほど、当時の事実関係を説明する資料が散逸します。契約の相手方も体制が変わり、確認に手間がかかるようになります。早い段階であれば、仲介会社や税理士に当時の資料が残っていることも多く、整理の負担が小さくて済みます。
心理的な面も見過ごせません。「いつか指摘されるかもしれない」という不安を抱えたままでいるより、整理して手続きを終えたほうが、その後の生活設計も落ち着きます。売却後の資産運用や次の事業の計画も、確定した数字の上に立てるほうが確実です。
誤りの内容や対応の要否は、必ず税理士に相談のうえで判断してください。
住民税や社会保険への波及
所得税の申告内容を修正すると、それに連動して住民税の額も変わります。住民税は譲渡した年の翌年度に課税されるため、修正のタイミングによっては、すでに納付が始まっている住民税について追加の通知が届くことになります。
国民健康保険に加入している場合、保険料の算定にも所得が用いられますので、こちらにも影響が及ぶことがあります。譲渡の翌年の負担全般については「譲渡した翌年の住民税・社会保険料」で整理しています。
つまり修正申告は、所得税の追加納付だけで完結しないことがあるということです。資金の手当てを考えるときは、連動して生じ得る負担まで含めて、税理士に試算してもらうことをおすすめします。
そもそも誤りを生まないために
修正申告が必要になる状況の多くは、申告の段階で資料が足りなかったことに起因します。譲渡の準備段階から次の点を意識しておくと、誤りは大きく減らせます。
- 取得費の根拠資料を、交渉と並行して早めに集めておく
- 譲渡対価と、それ以外の名目で受け取る金銭を、契約書の上で明確に分けておく
- 価格調整条項がある場合、最終的な金額が確定する時期を把握しておく
- 複数株主の場合、配分の取り決めを書面で残しておく
- 申告を依頼する税理士に、契約書一式を早めに渡しておく
当社では、譲渡の過程で作成される書面について、後の申告で使うことを意識して整理するようお伝えしています。相談料・着手金・月額報酬は0円で、初期のご相談から承っています。成功報酬は移動総資産(株式価値+負債総額)を基準とするレーマン方式で最低2,000万円(税別)、基本合意時の中間金は成功報酬額の10%です。中間金は成功報酬から全額を差し引きますが、基本合意後に不成立となった場合、返金はいたしません。
申告は、売却の最後の工程です。そこまで見据えて資料を残すことが、結果的に手間と負担を減らします。
まとめ|誤りは、早く整理するほど軽くなる
株式譲渡の申告は、取得費・譲渡費用・譲渡価格・所得の区分といった要素が絡み、金額も大きくなりやすいため、後から誤りが判明することがあります。納める税額が不足していた場合には、修正申告という手続きで訂正します。
自主的に申し出た場合と調査で指摘された場合とでは取り扱いが異なるうえ、時間が経つほど資料の確認も難しくなります。気づいた時点で税理士に相談することが、負担を最も小さくする方法です。
当社では、売却の準備段階から申告までを見据えた進め方をご提案しています。まずはお気軽にご相談ください。