「3億円で売れた」と聞くと、3億円が手元に入るように思えます。しかし実際には、そこから税金、支援機関への手数料、専門家への費用が差し引かれ、株主が複数いれば分け合うことになります。価格と手取りの間には、いくつもの段差があります。

この段差を知らないまま進めると、成約後に「思っていたより少ない」という戸惑いが生まれます。逆に、最初から構造がわかっていれば、必要な手取りから逆算して条件を設計できます。本稿では、譲渡価格から手取りに至るまでに何が差し引かれるのかを、順を追って整理します。

価格と手取りは、同じではない

まず全体像を示します。株式譲渡による会社の譲渡を前提とすると、流れはおおよそ次のようになります。

段階内容誰の負担か
譲渡価格株式の対価として買い手が支払う金額
− 取得費株式を取得したときの金額(出資額など)課税所得の計算上、差し引く
− 譲渡費用譲渡のために直接要した費用同上
= 譲渡所得課税の対象となる所得
− 税金譲渡所得に対する課税(原則20.315%)株主(個人)
− 支援機関の手数料仲介手数料・成功報酬など株主または会社(契約による)
− 専門家費用弁護士・税理士・会計士への報酬同上
= 手取り最終的に手元に残る金額

この表で押さえていただきたいのは、差し引かれるものが3種類あり、それぞれ性質が違うという点です。税金は法律で決まっており動かせません。手数料は契約で決まります。専門家費用は依頼の範囲で変わります。

① 税金|株式譲渡益への課税

個人株主が株式を譲渡した場合、譲渡所得に対して原則20.315%(所得税15%+復興特別所得税0.315%+住民税5%)の税率で課税されます。他の所得と分離して計算される申告分離課税です。

計算の基本

課税の対象となるのは、譲渡価格そのものではなく、そこから取得費と譲渡費用を差し引いた金額です。

  • 取得費:その株式を取得するために支払った金額。創業者の場合、設立時の出資額であることが多く、結果として取得費が小さく譲渡所得が大きくなる傾向があります
  • 譲渡費用:譲渡のために直接要した費用。支援機関への手数料などが該当しうるとされますが、範囲の判断は個別の事情によります

取得費が不明な場合、譲渡収入の一定割合を取得費とみなす取扱いがあります。古い会社では取得の経緯を示す資料が残っていないこともありますので、早めに確認しておくとよいでしょう。

納税の時期に注意

見落とされやすいのが、代金を受け取る時期と、納税の時期がずれることです。譲渡した年の翌年に確定申告を行い、納税します。その間に受け取った代金を使ってしまうと、納税資金が不足するという事態になりかねません。「納税資金をどう準備するか|売却代金の受取時期との関係」で解説しています。

高額な譲渡の場合

譲渡所得が非常に大きい場合、いわゆるミニマムタックス(極めて高い水準の所得に対する追加的な課税の仕組み)の影響を受ける可能性があります。2025年分から適用が始まっており(3.3億円の控除・22.5%)、2027年分からは基準が強化されます(1.65億円・30%)。該当しうる規模の譲渡をご検討の場合は、必ず税理士にご確認ください。

また、2027年1月からは防衛特別所得税が基準所得税額の1%として課される一方、復興特別所得税が2.1%から1.1%へ引き下げられます。付加率の合計は2037年まで変わらないため、株式譲渡益に対する20.315%という水準自体は実質的に変わりません。

② 支援機関への手数料

次に差し引かれるのが、M&A支援機関への手数料です。ここは会社によって体系が大きく異なりますので、契約前に必ず全体像を確認してください。

手数料の種類

  • 相談料:初回相談時の費用
  • 着手金:契約時に支払う費用
  • 月額報酬(リテイナーフィー):契約期間中に毎月発生する費用
  • 中間金:基本合意の締結時に支払う費用
  • 成功報酬:成約時に支払う費用

当社の場合

当社プラチナパートナーズの体系をご説明します。相談料・着手金・月額報酬は0円です。

成功報酬は、移動総資産レーマン方式によって算出します。基準額は株式価値(譲渡対価)+負債総額であり、この基準額に次の料率を段階的に適用します。

基準額(株式価値+負債総額)料率
5億円以下の部分5%
5億円超10億円以下の部分4%
10億円超50億円以下の部分3%
50億円超100億円以下の部分2%
100億円超の部分1%

ただし、最低金額を2,000万円(税別)としています。また、基本合意の締結時に中間金として成功報酬額の10%をお預かりし、成約時の成功報酬から全額を差し引きます(基本合意後に不成立となった場合、返金はいたしません)。基本合意後に不成立となった場合、中間金は返金いたしません。

計算の例

基準額に負債を含める方式ですので、借入のある会社では基準額が譲渡対価より大きくなります。具体的な例を挙げます。

  • 株式価値1.5億円+負債1億円=基準額2.5億円→ 料率計算では1,250万円ですが、最低金額により2,000万円。中間金200万円、成約時1,800万円
  • 株式価値3億円+負債2億円=基準額5億円2,500万円。中間金250万円、成約時2,250万円
  • 株式価値7億円+負債3億円=基準額10億円4,500万円。中間金450万円、成約時4,050万円

いずれも税別の金額です。詳しくは料金体系のページをご覧ください。中間金の一般的な位置づけは「M&Aの中間金とは|支払うタイミング・相場と成功報酬との関係」で解説しています。

なお、手数料の負担者(株主個人か会社か)によって、税務上の取扱いが変わります。この点も契約前に確認しておくべき事項です。

③ 専門家費用と、その他の支出

支援機関の手数料とは別に、次のような費用が発生することがあります。

費目内容発生する場面
弁護士費用最終契約書のレビュー、交渉への関与ほぼ必ず。金額は関与の範囲による
税理士費用税務の検討、確定申告、株価の検証顧問契約の範囲外は別途
会計士・鑑定費用企業価値評価、不動産鑑定必要に応じて
司法書士費用登記手続き(役員変更など)クロージング時
株式の集約費用少数株主からの買い取り資金株式が分散している場合
役員退職金会社から経営者へ支払う場合会社の資金から支出

金額は案件の規模と複雑さによって大きく変わります。「いくらかかるか」は、依頼する前に見積りを取ってください。特に弁護士費用は、時間制か定額制かで大きく異なります。

また、株式が分散している場合の集約費用は、見落とされがちですが実際には無視できない金額になることがあります。事前に株主名簿を確認しておくべき理由の一つです。

④ 株主が複数いる場合の配分

株主が複数いる場合、譲渡対価は持株比率に応じて各株主に支払われます。そして税金も、それぞれの株主が個別に負担します。

ここで注意が必要なのは、同じ株数でも手取りが同じとは限らないことです。理由は取得費です。

  • 創業時から保有している株主は、取得費が小さく、譲渡所得が大きくなる
  • 後から買い取った株主は、取得費が大きく、譲渡所得が小さくなる
  • 相続や贈与で取得した場合、前の所有者の取得費を引き継ぐのが原則

相続で取得した株式については、一定の要件のもとで相続税額の一部を取得費に加算できる特例があります。適用には期限がありますので、相続後にM&Aを検討される場合は、時期との関係を早めに税理士に確認してください。詳しくは「相続した株式の売却と税金|取得費加算の特例とM&Aのタイミング」および「株主が複数いる場合の税金|それぞれの手取りが変わる理由」をご覧ください。

また、支援機関への手数料や専門家費用を、株主間でどう按分するかも決めておく必要があります。ここが曖昧なまま成約すると、後から不満が生じます。

※ 本稿の税務に関する記述は、2026年8月時点の一般的な取扱いに基づくものです。実際の税額・適用関係は個別の事情によって異なりますので、必ず税理士にご確認ください。

まとめ|手取りは、設計次第で変わる

譲渡価格から手取りに至るまでに差し引かれるのは、税金、支援機関の手数料、専門家費用の3つです。そして株主が複数いれば、それぞれが個別に計算されます。

このうち税率は動かせませんが、設計によって手取りが変わる部分はあります。役員退職金との組み合わせ、譲渡の時期、株式の保有者、対価の受け取り方——これらは検討の余地がある領域です。特に役員退職金の活用は、中小企業のM&Aでよく用いられる手法です(「役員退職金を活用した会社売却|手取り最大化の考え方と注意点」)。

ただし、いずれも税務上の判断を伴いますので、必ず税理士と一緒に検討してください。また、税負担を抑えることだけを目的とした設計は、税務上の否認リスクを伴う場合があります。

当社プラチナパートナーズでは、初期の段階から手取りの概算をお示しし、条件の設計についても税理士と連携しながらご提案しています。相談料・着手金・月額報酬はいただいておりません。手数料の全体像は料金体系のページで公開していますので、まずはご覧ください。

Author & Supervisor

執筆・監修:株式会社プラチナパートナーズ 取締役副社長 神垣 宏康

東京都千代田区(日比谷)のM&A仲介・事業承継アドバイザリーファーム、株式会社プラチナパートナーズ取締役。成功報酬型のもと、中小企業の事業承継・会社売却を初回相談から成約まで一気通貫で支援しています。役員紹介・会社概要はこちら

よくあるご質問

A.差し引かれるものが3種類あり、それぞれ性質が違います。まず税金で、個人株主の株式譲渡益は原則20.315%(所得税15%+復興特別所得税0.315%+住民税5%)の申告分離課税です。次に支援機関への手数料、そして弁護士・税理士・司法書士などの専門家費用です。株主が複数いれば持株比率に応じて分配され、税金もそれぞれが個別に負担します。具体的な税額は税理士にご確認ください。
A.ずれます。譲渡した年の翌年に確定申告を行い、納税します。受け取った代金をすぐに使ってしまうと、納税の時期に資金が足りないという事態になりかねません。また譲渡所得が非常に大きい場合はミニマムタックスの影響を受ける可能性があり、2025年分から適用が始まり(3.3億円の控除・22.5%)、2027年分から強化されます(1.65億円・30%)。具体的な適用は税理士にご確認ください。
A.あります。理由は取得費です。創業時から保有している株主は取得費が小さく譲渡所得が大きくなり、後から買い取った株主は取得費が大きく譲渡所得が小さくなります。相続や贈与で取得した場合は、前の所有者の取得費を引き継ぐのが原則です。相続で取得した株式には相続税額の一部を取得費に加算できる特例があり期限がありますので、具体的な適用は税理士にご確認ください。手数料の按分も事前に決めておいてください。

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秘密厳守・成功報酬型。情報収集のためのご相談にも費用はかかりません。基本合意時の中間金と成功報酬については料金体系をご覧ください。
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