会社売却で大きな金額が入ってくると、その資金の使い道に目が向きます。次の事業への投資、退職後の生活設計、家族への配分——どれも大切な検討です。ただ、その前に確保しておかなければならないものがあります。納税資金です。

株式譲渡の税金は、原則として譲渡した年の翌年に納めます。入金と納税の間には時間差があり、条件によっては「まだ受け取っていない部分にも課税される」という状況が生じ得ます。本稿では、その構造と準備の進め方を整理します。

※ 本稿は一般的な税制の仕組みをご紹介するものであり、特定の取引に関する税務アドバイスではありません。記載は2026年8月時点の制度に基づきます。制度は税制改正により変わり、適用関係は個別の事情によって異なります。具体的な適用は必ず税理士にご確認ください。

入金と納税のタイミングは同じではない

個人株主が株式を譲渡した場合、譲渡益に対する所得税等は、譲渡した年の翌年に確定申告をして納付します。住民税もまた、前年の所得に基づき翌年度に課税されます(「譲渡した翌年の住民税・社会保険料」)。

つまり、クロージングで代金を受け取ってから納税までに、数か月から一年以上の間が空くことになります。この間に資金を動かしてしまうと、納税の段になって手元が足りない、という事態が起こり得ます。

逆に言えば、納税額はあらかじめ計算できる性質のものです。予測不能な支出ではありません。売却の条件が固まった段階で試算し、その金額を分けて置いておく。これが最も確実な準備です。

受取時期が分かれる条件に注意する

問題が複雑になるのは、代金を一括で受け取らない条件のときです。M&Aでは、次のような設計が用いられることがあります。

  • 分割払い:クロージング時に一部、残りを一定期間後に支払う条件。
  • アーンアウト:譲渡後の業績など一定の条件が達成された場合に、追加の対価を支払う条件(「アーンアウトとは」)。
  • エスクロー・一部留保:表明保証違反などに備えて、代金の一部を一定期間預けておく、または支払いを留保する条件。
  • 役員退職金との組み合わせ:対価の一部を退職金として支払う設計(「役員退職金を活用した会社売却」)。

ここで押さえておきたいのが、税務上の所得の認識時期は、実際の入金の時期と必ずしも一致しないという点です。一般に、株式の譲渡による所得は、譲渡があった時点で全体を認識するのが原則とされています。分割払いであっても、譲渡した年に譲渡代金の全体を前提として課税されることがあり得るということです。

アーンアウトのように金額が後から確定する部分の扱いは、条件の設計によって整理が変わります。これらの取り扱いは条件の内容に大きく左右されますので、契約条件を詰める段階で必ず税理士にご確認ください。「契約を結んだ後に税理士に相談したら、想定と違った」というのは避けたい展開です。

納税額の目安を、いつ・どうやって把握するか

納税額の試算に必要なのは、次の情報です。

  • 譲渡価格:基本合意の段階で目安が固まります。
  • 取得費:設立時の出資額、増資、買い集めの経緯を示す資料。資料がなければ概算取得費(譲渡価格の5%)による計算になり得ます。
  • 譲渡費用:その譲渡のために負担した仲介手数料や専門家報酬のうち、控除できるもの(「M&A関連費用の税務上の扱い」)。
  • 他の所得の状況:譲渡益の規模によっては、ミニマムタックスの影響を確認する必要があります。
  • 株主ごとの事情:株主が複数いる場合、一人ひとり税額は異なります(「株主が複数いる場合の税金」)。

試算のタイミングとしては、基本合意の前後が一つの目安になります。この段階なら価格の目安が立っており、かつ最終条件の調整余地も残っています。「納税まで考えるとこの条件では厳しい」という判断も、この時期なら間に合います。

手元資金を減らす要因を先に洗い出す

納税資金を圧迫するのは、税金だけではありません。売却に伴って手元から出ていくものを、あらかじめ並べておきます。

  • 仲介手数料:当社の場合、相談料・着手金・月額報酬は0円で、基本合意時の中間金(成功報酬額の10%)と成約時の成功報酬をいただきます。中間金は成功報酬から全額差し引きますので、総額が増えるものではありません(ただし基本合意後に不成立となった場合、中間金の返金はいたしません)。
  • 専門家報酬:契約書のレビュー、株価算定、税務相談など。
  • 個人保証や個人資産の整理:会社の借入に個人保証を差し入れている場合、その解除の交渉が必要です(「経営者保証の解除」)。個人資産を担保に入れている場合も同様です。
  • 会社への貸付金・借入金の精算:オーナーと会社の間の資金のやり取りは、クロージングまでに整理するのが通常です。
  • 翌年の社会保険料等:国民健康保険料などが上がる可能性があります。

これらを引いたうえで残る金額が、実際に使える資金です。「譲渡価格=使える金額」ではないという前提を、早い段階でご家族とも共有しておくことをおすすめします。

準備の進め方|逆算でスケジュールを引く

実務的には、次の順序で進めると漏れが少なくなります。

  • ①検討開始時:取得費を裏付ける資料を探し始めます。古い資料ほど探すのに時間がかかります。
  • ②基本合意の前後:税理士に納税額の概算を試算してもらいます。株主が複数なら全員分を出します。
  • ③最終条件の調整段階:分割払いやアーンアウトを入れる場合、課税のタイミングとの関係を確認します。必要なら支払時期の調整を交渉材料にします。
  • ④クロージング直後:試算した納税額(と翌年の負担の見込み)を、使わない口座に分けて置きます。
  • ⑤翌年の申告期:確定申告を行い、納付します。住民税の納付時期も確認しておきます。

とくに③は、当社が仲介として関与できる部分です。売り手の税務上の事情を踏まえて支払時期を交渉することは、決して不自然なことではありません。買い手にとっても、クロージング後に売り手が資金繰りで困る状況は望ましくないからです。

まとめ|「使う前に、置いておく」が最も確実

株式譲渡の納税は、譲渡した年の翌年です。入金と納税には時間差があり、分割払いやアーンアウトを含む条件では、受け取っていない部分の扱いが論点になることもあります。だからこそ、条件を詰める段階で税理士に確認し、試算した金額を分けて置いておくという単純な方法が、最も確実な備えになります。

当社では、基本合意の前後で手取りの見通しを整理し、必要に応じて支払時期の調整も含めて条件交渉をお手伝いしています。具体的な税額の計算と取り扱いは必ず税理士にご確認ください。ご相談は無料ですので、条件が固まる前の段階でお声がけください。

よくあるご質問

A.必ずしもそうはなりません。一般に、株式の譲渡による所得は譲渡があった時点で全体を認識するのが原則とされており、代金が分割で入金される場合でも、譲渡した年に全体を前提として課税されることがあり得ます。取り扱いは契約条件の内容によって変わりますので、条件を確定する前に税理士にご確認ください。
A.譲渡価格の目安と取得費が分かれば概算は可能です。実務では基本合意の前後で税理士に試算を依頼することが多く、この時期なら条件の調整余地も残っています。株主が複数いる場合は、株主ごとに税額が異なるため、全員分の試算をおすすめします。
A.まずは条件を詰める段階で支払時期を調整できないかを検討します。買い手にとっても、クロージング後に売り手が資金繰りで困る状況は望ましくありません。納付が難しい場合の制度もありますが、要件がありますので税理士にご相談ください。いずれにせよ、事前の試算と資金の確保が最も確実です。

Free Consultation

条件が固まる前の段階から、ご相談いただけます。

相談料・着手金・月額報酬は0円です。基本合意時の中間金と成功報酬については料金体系をご覧ください。手取りの見通しを一緒に整理します。
メール(info@platinumpartners.jp)でも承ります。

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Author & Supervisor

執筆・監修:株式会社プラチナパートナーズ 取締役副社長 神垣 宏康

東京都千代田区(日比谷)のM&A仲介・事業承継アドバイザリーファーム、株式会社プラチナパートナーズ取締役。成功報酬型のもと、中小企業の事業承継・会社売却を初回相談から成約まで一気通貫で支援しています。役員紹介・会社概要はこちら