法人の代表を務めながら、個人としても不動産賃貸や個人事業を営み、青色申告をしている。中小企業の経営者には、こうした方が少なくありません。会社の株式を譲渡する年は、いつもの確定申告に「株式等に係る譲渡所得」という分離課税の区分が加わることになります。本稿では、青色申告をしている方が株式を譲渡する場合に、どこを確認しておけばよいのかを整理します。
※ 本稿は一般的な税制の仕組みをご紹介するものであり、特定の取引に関する税務アドバイスではありません。税制は改正によって変わるため(本稿の記載は2026年8月時点の制度に基づきます)、適用関係は個別の事情によって異なります。実際のご検討にあたっては、必ず最新の情報をご確認のうえ、税理士等の専門家にご相談ください。
分離課税と、いつもの申告の関係
個人株主が非上場株式を譲渡した場合の譲渡所得は、申告分離課税です。事業所得や不動産所得、給与所得のように合算して累進税率を適用するのではなく、他の所得と分けて、所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%の税率で計算します。
したがって、青色申告をしている方であっても、株式の譲渡益そのものの税率が事業の状況によって上下することは原則としてありません。事業が黒字でも赤字でも、譲渡益に対する税率は変わらないという整理です。
ただし「まったく無関係」というわけではありません。申告書は一枚にまとまりますし、所得控除の適用や、住民税・社会保険料の算定、各種の判定に用いられる所得金額などを通じて、間接的に影響し合う部分があります。
いつもの申告に一区分が加わるだけ、と軽く考えず、譲渡の年は早めに税理士と申告の組み立てを相談しておくことをおすすめします。
青色申告の特典との関係
青色申告には、青色申告特別控除、純損失の繰越控除、青色事業専従者給与など、いくつかの特典があります。これらは事業所得や不動産所得に関する制度であり、株式の譲渡所得に直接適用されるものではありません。
とくに誤解が生じやすいのが、事業の赤字と株式の譲渡益の関係です。株式等の譲渡所得は他の所得と分離して課税されるため、事業所得の赤字をそのまま株式の譲渡益から差し引けるとは限りません。「今年は事業が赤字だから譲渡益と相殺できるはずだ」と考えて資金計画を立てると、実際の納税額と食い違うおそれがあります。
逆に、株式の譲渡で損失が出た場合の扱いも、他の所得との関係で制限があります。損失の取り扱いについては「譲渡損が出た場合の扱い」で整理していますので、あわせてご覧ください。
損益の通算や繰越が可能かどうかは、所得の区分や上場・非上場の別によって細かく定められています。判断は必ず税理士にご確認ください。
事業用資産と株式を、切り分けて考える
青色申告をしている経営者の場合、会社に貸している土地建物や、個人名義の機械設備などを保有していることがあります。M&Aでは、これらの資産をどうするかが必ず論点になります。
- 会社に貸したまま、賃貸借契約を継続する
- 株式と一緒に、買い手または会社に譲渡する
- 売り手が保有し続け、一定期間後に改めて協議する
このうち資産を譲渡する場合、その所得は株式の譲渡所得とは別の区分になります。土地建物であれば不動産の譲渡所得として、事業用の動産であれば事業所得や譲渡所得として、それぞれの計算方法で課税されます。区分ごとに税率も計算方法も異なるため、合計の手取りを把握するには、それぞれを分けて試算する必要があります。
また、資産を譲渡すれば、翌年以降の不動産所得はなくなります。青色申告を継続するのか、廃業の届け出が必要になるのかといった手続き面の確認も出てきます。生活設計にも関わる部分ですので、譲渡条件を詰める前に整理しておきたいところです。
個人資産を同時に譲渡する場合の考え方は「株式と一緒に個人資産も譲渡する場合」でも扱っています。
役員報酬・退職金との関係
会社の代表として役員報酬を受け取っている場合、譲渡の年は給与所得も発生します。さらに、退任にあたって役員退職金を受け取る設計を取る場合には、退職所得も加わります。
これらはいずれも計算の仕組みが異なります。給与所得は他の所得と合算して累進税率で課税され、退職所得は分離して優遇された計算方法が用いられ、株式の譲渡所得は一律の税率による分離課税です。三つが同じ年に並ぶと、申告書の組み立ては一気に複雑になります。
役員退職金は手取りの設計に大きく関わる論点ですが、金額の妥当性が問われる領域でもあります。「役員退職金を活用した会社売却」で考え方を整理していますので、参考にしてください。
いずれの設計も、税務上の要件確認が不可欠です。当社でも必要に応じて税理士等の専門家と連携しながら検討をお手伝いしています。
譲渡の年の申告準備で、やっておくこと
譲渡があった年の申告は、いつもの年より準備に時間がかかります。次の点を、年内のうちに確認しておくと安心です。
- 株式の取得費を示す資料が手元にそろっているか
- 譲渡費用として計上し得る支出(仲介会社への報酬など)の資料を保管しているか
- 個人資産の譲渡がある場合、その取得時期・取得価額の資料があるか
- 顧問税理士が株式譲渡の申告に対応できるか、事前に相談しているか
- 所得税の納付に加え、翌年度の住民税の負担も資金計画に織り込んでいるか
とくに最後の点は見落とされがちです。住民税は譲渡した年の翌年度に課税されるため、所得税を納めた後にもう一段の負担が来ます。詳しくは「譲渡した翌年の住民税・社会保険料」をご覧ください。
申告は譲渡した年の翌年の確定申告期間(原則として2月16日から3月15日まで)です。事業所得の決算作業と重なりますので、資料は早めにそろえておいてください。
まとめ|区分ごとに分けて、全体で眺める
青色申告をしている経営者が会社を売る年は、事業所得・不動産所得に加えて、株式の譲渡所得、場合によっては給与所得や退職所得が同じ申告書に並びます。それぞれ計算の仕組みが異なるため、区分ごとに分けて試算し、最後に全体を眺めるという順序で整理するのが確実です。
事業の赤字で譲渡益を相殺できると考えるなど、思い込みで資金計画を立てると、納税の段になって食い違いが生じます。損益通算や繰越の可否は制度上細かく定められていますので、必ず税理士にご確認ください。
当社では、会社の売却と個人資産の扱いを切り分けて整理するところからご相談を承っています。相談料・着手金・月額報酬は0円です。まずは現在の状況をお聞かせください。