源泉徴収と不動産評価｜税務基礎の、見落としやすい2項目

資料3の税務基礎には、●が付いた項目のほかに 「源泉徴収制度に関する基礎知識」と「不動産評価に関する税務知識」が並んでいます。

どちらも地味ですが、中小M&Aの現場では実際に問題になる2項目です。

源泉徴収｜払う側の義務

源泉徴収は、支払う側が、あらかじめ税額を差し引いて国に納める仕組みです。 給与、賞与、退職金、一定の報酬などが対象になります。

重要なのは、これが支払う側の義務だという点です。 受け取る人の問題ではなく、会社の義務です。

M&Aで関わるのは、主に役員退職金の場面です。 資料3では「役員退職金に関する税務知識」に●が付いていますが、 支払いには源泉徴収が伴います。

退職金の源泉徴収では、受給者が「退職所得の受給に関する申告書」を提出しているかどうかで 取り扱いが変わる仕組みが設けられています。 手続の有無で結果が変わるため、実務では確認が必要な事項です。

具体的な計算方法・税率は税法に定められています。 個別の計算は税理士の領域であり、支援者が試算してはいけません （税理士法第52条。無償でも不可）。

源泉漏れは、税務DDの検出事項になる

中小企業では、源泉徴収が適切に行われていないことがあります。典型は次のようなものです。

• 個人への外注費……実態が給与に近いのに、源泉徴収されていない
• 士業への報酬……源泉徴収が必要な報酬で、漏れている
• 経済的利益の供与……社宅、貸付金の利息相当額などが給与として扱われるべき場合
• 非居住者への支払い……別の取扱いが必要な場合

これらが見つかると、会社が過去分を納付することになり、 加算税・延滞税が生じる可能性もあります。

つまり、簿外債務です。決算書に載っていないのに、買収後に支払いが生じる。 だから税務DDの検出事項になり、実態純資産を押し下げ、価格に影響します。

そして表明保証につながります。「源泉徴収を含め、税務申告および納付は適正に行われている」は 典型的な表明保証事項です。DDをやらなければ、このリスクは売主が負い続けます。

資料3で「税務DD 調査事項に関する税務知識」に●が付いているのは、 こうした論点を調査事項として挙げられるかが問われるためです。

不動産評価｜1つの土地に、複数の評価額がある

中小企業は、不動産を持っていることが多くあります。 そして不動産の「価格」は1つではありません。

評価	何のためのものか
簿価	取得時の価額をもとにした帳簿上の金額
固定資産税評価額	固定資産税・不動産取得税・登録免許税の算定に用いられる
相続税評価額（路線価等）	相続税・贈与税の算定に用いられる
時価（実勢価格）	実際に売買される価格。不動産鑑定によることもある

M&Aで問題になるのは、簿価と時価のずれです。

何十年も前に取得した土地が、取得時の価額のまま帳簿に載っている—— これは中小企業で非常によくあります。 含み益があれば実態純資産は増え、含み損があれば減ります。

資料3の財務に「財務DD 調査事項に関する財務知識（●）」があり、 税務に「不動産評価に関する税務知識」があるのは、 同じ不動産を、財務の目と税務の目の両方で見る必要があるからです。

不動産が絡むと、税も登記も動く

不動産が実際に移転するかどうかは、スキームで決まります。

• 株式譲渡……会社が持ったまま。名義は動かない
• 事業譲渡・会社分割・合併……不動産が移転し得る

移転すれば、不動産取得税と登録免許税が関わり、 登記手続が必要になります。

ガイドラインは、クロージングについてこう書いています。

不動産の所有権移転・担保抹消に伴う登記手続等を要することもあるため、 クロージングにおいて登記必要書類の授受等を行うこともある。 専門的な知見を要すると判断した場合には、司法書士等の士業等専門家等にも関与を求めることが必要である。

担保抹消にも触れられています。 会社の借入に不動産が担保として入っている場合、その処理も必要になります。 これは経営者保証の論点とも連動します。

もう1つ、中小M&A特有の論点があります。 事業に使っていない不動産（オーナーの自宅、投資用物件など）が会社名義になっている場合です。

買い手は事業を買いたいのであって、不動産投資をしたいわけではありません。 そこで、譲渡前に切り離す——会社分割で切り出す、オーナーが買い取る、といった整理が検討されます。 ガイドラインが「譲り渡し側の資産・貸付金の最終契約後整理」を 「認識した段階で対応するリスク」に挙げているのは、この処理をめぐる論点です。

試験で押さえる形

• 源泉徴収は支払う側の義務。役員退職金の支払いにも伴う
• 退職金の源泉徴収では「退職所得の受給に関する申告書」の提出の有無で取扱いが変わる
• 源泉漏れは簿外債務になり、税務DDの検出事項・表明保証の対象になる
• 不動産の評価は簿価／固定資産税評価額／相続税評価額／時価と複数ある
• 簿価と時価のずれが実態純資産に効く
• 不動産が移転するスキームでは、不動産取得税・登録免許税・登記が関わる
• 事業に使っていない不動産は、譲渡前の整理が論点になる

資料3では、この2項目に●は付いていません。 ●が付いているのは各種税金の基本部分と役員退職金、そして税務DDでした。

ただし、どちらも実務では必ず出てくる論点です。 気づいて、税理士・不動産鑑定士・司法書士につなぐ——ここが支援者の役割になります。

本記事は一般的な制度の説明です。源泉徴収の計算、不動産の評価、税務上の判断については、 必ず税理士・不動産鑑定士等の専門家にご確認ください。

この記事について（出典と免責）

本記事は、中小企業庁が公表した資料をもとに、株式会社プラチナパートナーズが作成したものです。 本試験の実施主体・運営事業者が作成・監修・承認したものではありません。

試験の名称・科目構成・出題数・出題範囲・合格基準・実施時期等は、2026年9月時点で公表されている 検討会資料および企画競争募集要領に「想定」「現状案」として示された内容です。 試験名は資料上「中小M&A資格試験（仮称）」と表記されています。実際の試験と異なる可能性がありますので、 受験にあたっては必ず公式の試験案内をご確認ください。

本記事の法務・税務・会計に関する記述は一般的な制度の説明です。 個別の案件における判断は、必ず弁護士・税理士・公認会計士等の専門家にご確認ください。

出典：「中小M&A市場の改革に向けた方向性について」（中小企業庁・第4回 中小M&A市場の改革に向けた検討会 資料2、2026年3月17日）／ 同 資料3「試験科目詳細」／ 「中小M&A資格試験実施事業」企画競争募集要領（中小企業庁、2026年3月27日）／ 中小M&Aガイドライン（第3版）（中小企業庁、2024年8月）／ 中小M&A専門人材（個人）向け 使命・倫理行動規範・知識スキルマップ をもとに当社が作成。

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